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- PDB-3c2h: Crystal Structure of SYS-1 at 2.6A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2h
タイトルCrystal Structure of SYS-1 at 2.6A resolution
要素Sys-1 protein
キーワードCELL ADHESION / SYS-1 / Caenorhabditis elegans / beta-catenin / WNT
機能・相同性
機能・相同性情報


polarity specification of proximal/distal axis / gonad morphogenesis / positive regulation of mesodermal cell fate specification / mesodermal cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / gonad development / endodermal cell fate commitment / proximal/distal pattern formation / embryonic digestive tract development / embryo development ending in birth or egg hatching ...polarity specification of proximal/distal axis / gonad morphogenesis / positive regulation of mesodermal cell fate specification / mesodermal cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / gonad development / endodermal cell fate commitment / proximal/distal pattern formation / embryonic digestive tract development / embryo development ending in birth or egg hatching / female gonad development / kinetochore / male gonad development / Wnt signaling pathway / scaffold protein binding / cell cortex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sys-1 C-terminal domain-like / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Beta-catenin homolog sys-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Phillips, B.T. / Amaya, M.F. / Kimble, J. / Xu, W.
引用
ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: The C. elegans SYS-1 protein is a bona fide beta-catenin.
著者: Liu, J. / Phillips, B.T. / Amaya, M.F. / Kimble, J. / Xu, W.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: A beta-catenin identified by functional rather than sequence criteria and its role in Wnt/MAPK signaling.
著者: Miskowski, J. / Li, Y. / Kimble, J.
#2: ジャーナル: Dev.Biol. / 年: 2001
タイトル: The sys-1 gene and sexual dimorphism during gonadogenesis in Caenorhabditis elegans.
著者: Kidd III, A.R. / Miskowski, J.A. / Siegfried, K.R. / Sawa, H. / Kimble, J.
#3: ジャーナル: Genetics / 年: 2004
タイトル: The sys-1 and sys-3 genes cooperate with Wnt signaling to establish the proximal-distal axis of the Caenorhabditis elegans gonad.
著者: Phillips, B.T. / Kidd III, A.R. / King, R. / Hardin, J. / Kimble, J.
#4: ジャーナル: Development / 年: 2007
タイトル: Binary cell fate specification during C. elegans embryogenesis driven by reiterated reciprocal asymmetry of TCF POP-1 and its coactivator beta-catenin SYS-1.
著者: Huang, S. / Shetty, P. / Robertson, S.M. / Lin, R.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sys-1 protein
B: Sys-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4247
ポリマ－141,8672
非ポリマー5575
水70339
1
A: Sys-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3074
ポリマ－70,9331
非ポリマー3733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sys-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1183
ポリマ－70,9331
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.500, 95.048, 149.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALAAA180 - 2191 - 40
21METMETALAALABB180 - 2191 - 40
32ASNASNMETMETAA225 - 59046 - 411
42ASNASNMETMETBB225 - 59046 - 411
53LYSLYSCYSCYSAA600 - 628421 - 449
63LYSLYSCYSCYSBB600 - 628421 - 449
74METMETLEULEUAA631 - 734452 - 555
84METMETLEULEUBB631 - 734452 - 555
95PROPROLEULEUAA742 - 792563 - 613
105PROPROLEULEUBB742 - 792563 - 613

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要素

#1: タンパク質 Sys-1 protein


分子量: 70933.336 Da / 分子数: 2 / 断片: Armadillor Domain (UNP residues 180 - 798) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sys-1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XVI2
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Hepes, 0.6 M Na/K Tartrate, 20 mM Glycine and 5mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 70425 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.155 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Num. unique all: 6527 / Χ2: 1.033 / % possible all: 91.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.56 Å
Translation2.5 Å49.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.065 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 3573 5.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all0.2466 72547 --
obs0.247 70332 97.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å20 Å20.12 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9770 0 37 39 9846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.96713646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00351231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.89224.279437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85151716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8271559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.27024
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.90726386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.655310115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84344082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.96463531
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3282 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.265
LOOSE THERMAL1.4210
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 239 -
Rwork0.333 4516 -
all-4755 -
obs--90.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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