PDB-3c1p: Crystal Structure of an alternating D-Alanyl, L-Homoalanyl PNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c1p

タイトル

Crystal Structure of an alternating D-Alanyl, L-Homoalanyl PNA

要素

Peptide Nucleic Acid DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS

キーワード

PEPTIDE NUCLEIC ACID / Synthetic / PNA / alanyl / homoalanyl / DE NOVO PROTEIN

機能・相同性

DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS / PEP_NUC

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å

データ登録者

Cuesta-Seijo, J.A. / Sheldrick, G.M. / Zhang, J. / Diederichsen, U.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Continuous beta-turn fold of an alternating alanyl/homoalanyl peptide nucleic acid.
著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Zhang, J. / Diederichsen, U. / Sheldrick, G.M.

履歴

登録	2008年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.4	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.5	2014年11月26日	Group: Structure summary
改定 2.0	2019年3月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy カテゴリ: entity_poly / pdbx_entity_src_syn ...entity_poly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity_poly.type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity_poly.type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c1p.cif.gz	44.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c1p.ent.gz	37.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c1p_validation.pdf.gz	318.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c1p_full_validation.pdf.gz	325.1 KB	表示
XML形式データ	3c1p_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	3c1p_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/3c1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/3c1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lvk-d 1c6r-d 1yj1-1 3idw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptide Nucleic Acid DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS

B: Peptide Nucleic Acid DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS

C: Peptide Nucleic Acid DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS

D: Peptide Nucleic Acid DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS

6.07 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.308, 30.733, 33.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: Peptide nucleic acid	Peptide Nucleic Acid DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1518.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: DLY-HGL-AGD-LHC-AGD-LHC-CUD-LYS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.14 %

結晶化

温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1,6-hexanediol, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	1,6-hexanediol	1	1
2	MgCl2	1	1
3	Tris-HCl	1	1
4	H2O	1	1
5	1,6-hexanediol	1	2
6	MgCl2	1	2
7	Tris-HCl	1	2
8	H2O	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7999 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日 / 詳細: bendable mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→40 Å / Num. all: 28613 / Num. obs: 28613 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.99 % / B_iso Wilson estimate: 12.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.0639 / R_sym value: 0.0639 / Net I/σ(I): 18.13
反射シェル	解像度: 1→1.09 Å / 冗長度: 11.32 % / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / Num. unique all: 6570 / R_sym value: 0.436 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXD		位相決定
SHELXL-97		精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→40 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: Parkinson for nucleobases, Engh & Huber for peptide part
詳細: same distance restraints for link between peptide and nucleobases with no target values

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2019	1425	5 %	random
R_work	0.1503	-	-	-
all	0.1529	28537	-	-
obs	0.1529	28537	99.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	397	0	0	140	537

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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