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万見
- PDB-3c1j: Substrate binding, deprotonation and selectivity at the periplasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1j
タイトルSubstrate binding, deprotonation and selectivity at the periplasmic entrance of the E. coli ammonia channel AmtB
要素Ammonia channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / Ammonia Transport / Phe-gate Double Mutant / AmtB / Inner membrane / Transmembrane'
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter, conserved site / Ammonium transporters signature. / Ammonium transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / Ammonium transporter AmtB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lupo, D. / Winkler, F.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Substrate binding, deprotonation, and selectivity at the periplasmic entrance of the Escherichia coli ammonia channel AmtB.
著者: Javelle, A. / Lupo, D. / Ripoche, P. / Fulford, T. / Merrick, M. / Winkler, F.K.
履歴
登録2008年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonia channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5204
ポリマ－44,3001
非ポリマー2203
水2,162120
1
A: Ammonia channel
ヘテロ分子

A: Ammonia channel
ヘテロ分子

A: Ammonia channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,55912
ポリマ－132,8993
非ポリマー6619
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-128.8 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.230, 110.230, 84.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

21A-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ammonia channel / Ammonia transporter


分子量: 44299.520 Da / 分子数: 1 / 変異: F107A, F215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: 1amtB / プラスミド: pET22b-AmtBF107AF215A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: P69681
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 26% PEG 550, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月24日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 38571 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1XQF

1xqf


解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 8.089 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20974 1936 5 %RANDOM
Rwork0.18147 ---
all0.18285 ---
obs0.18285 36605 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20.52 Å20 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2636 0 15 120 2771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.9443690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7445361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.46823.12580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62115387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.505155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21970
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.30421814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.04332816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0744.51046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4216874
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 142 -
Rwork0.264 2708 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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