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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c1j | ||||||
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タイトル | Substrate binding, deprotonation and selectivity at the periplasmic entrance of the E. coli ammonia channel AmtB | ||||||
要素 | Ammonia channel | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / Ammonia Transport / Phe-gate Double Mutant / AmtB / Inner membrane / Transmembrane' | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lupo, D. / Winkler, F.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008 タイトル: Substrate binding, deprotonation, and selectivity at the periplasmic entrance of the Escherichia coli ammonia channel AmtB. 著者: Javelle, A. / Lupo, D. / Ripoche, P. / Fulford, T. / Merrick, M. / Winkler, F.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c1j.cif.gz | 82 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c1j.ent.gz | 60.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c1j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3c1j_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3c1j_full_validation.pdf.gz | 437.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3c1j_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3c1j_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/3c1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/3c1j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44299.520 Da / 分子数: 1 / 変異: F107A, F215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: 1amtB / プラスミド: pET22b-AmtBF107AF215A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: P69681 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 26% PEG 550, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月24日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 38571 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.74 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1XQF 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 8.089 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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