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万見
- PDB-3byc: Joint neutron and X-ray structure of diisopropyl fluorophosphatas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3byc
タイトルJoint neutron and X-ray structure of diisopropyl fluorophosphatase. Deuterium occupancies are 1-Q, where Q is occupancy of H
要素Diisopropyl-fluorophosphatase
キーワードHYDROLASE / beta-propeller / phosphotriesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Diisopropyl-fluorophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo vulgaris (イカ)
手法X線回折 / 中性子回折 / existing x-ray model used / PDB id 2GVW / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Blum, M.-M. / Mustyakimov, M. / Ruterjans, H. / Schoenborn, B.P. / Langan, P. / Chen, J.C.-H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2009
タイトル: Rapid determination of hydrogen positions and protonation states of diisopropyl fluorophosphatase by joint neutron and X-ray diffraction refinement.
著者: Blum, M.M. / Mustyakimov, M. / Ruterjans, H. / Kehe, K. / Schoenborn, B.P. / Langan, P. / Chen, J.C.
履歴
登録2008年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Data collection / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2013
ポリマ－35,1211
非ポリマー802
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.441, 83.291, 87.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diisopropyl-fluorophosphatase / E.C.3.1.8.2 / DFPase


分子量: 35120.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo vulgaris (イカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIG4, EC: 3.1.8.2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折2
中性子回折

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2545.43
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法6.5PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.5PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
13001
22982
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
10.6, 7.0
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付
BNL1TOF AREA DETECTOR2007年1月1日
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2004年5月25日
放射
タイプIDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
neutron1WAVELENGTH-RESOLVED LAUELneutron1
x-ray2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.61
271
31.54181
反射解像度: 1.85→38.91 Å / Num. all: 13656 / Num. obs: 12068 / % possible obs: 43.3 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Biso Wilson estimate: 4.1 Å2 / Limit h max: 21 / Limit h min: 0 / Limit k max: 44 / Limit k min: 0 / Limit l max: 47 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2011245.43 / Observed criterion F min: 107.5

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解析

ソフトウェア名称: nCNS / バージョン: 1.0.0 / 分類: 精密化 / Contact author: Marat Mustyakimov / Contact author email: marat[at]lanl.gov / 日付: 2008 / 言語: Fortran / URL: http://mnc.lanl.gov / タイプ: package
精密化

Biso max: 89.84 Å2 / Biso mean: 25.9 Å2 / Biso min: 2 Å2 / Rfactor Rfree error: 0.013 / Num. reflection Rfree: 564 / Num. reflection all: 13629 / Num. reflection obs: 12042 / % reflection Rfree: 4.7 % / % reflection obs: 72 % / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / R Free selection details: random / Data cutoff high absF: 2011245.43 / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 63.8081 Å2 / ksol: 0.713641 e/Å3 / 解像度: 2.2→19.54 Å

構造決定の手法Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkDiffraction-ID
existing x-ray model usedNEUTRON DIFFRACTION0.3150.2641
PDB id 2GVWX-RAY DIFFRACTION0.2520.2332
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2451 0 2 246 2699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg15.6
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.88
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.30.4595.10.35511050.0522061116456.5
2.3-2.420.327524.40.32111310.0452050118357.7
2.42-2.570.3976450.34312090.052070127361.5
2.57-2.770.417574.30.33712720.0552039132965.2
2.77-3.050.34654.50.29313880.0422077145370
3.05-3.490.3210060.27915530.0322092165379
3.49-4.390.2527540.2117870.0292121186287.8
4.39-19.540.267924.30.20520330.0282213212596
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein-allhdg_hd.paramprotein-allhdg_hd.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3dod.paramdod.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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