PDB-3by4: Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3by4

タイトル

Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin

要素

Ubiquitin
Ubiquitin thioesterase OTU1

キーワード

CELL CYCLE / HYDROLASE / ubiquitin hydrolase / deubiquitinase

機能・相同性

機能・相同性情報

Ovarian tumor domain proteases / : / : / protein modification process => GO:0036211 / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...Ovarian tumor domain proteases / : / : / protein modification process => GO:0036211 / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / protein deubiquitination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / cytosolic ribosome / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Messick, T.E. / Marmorstein, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for ubiquitin recognition by the Otu1 ovarian tumor domain protein
著者: Messick, T.E. / Russell, N.S. / Iwata, A.J. / Sarachan, K.L. / Shiekhattar, R. / Shanks, J.R. / Reyes-Turcu, F.E. / Wilkinson, K.D. / Marmorstein, R.

履歴

登録	2008年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3by4.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3by4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3by4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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ユビキチン (Ubiquitin)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (9)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
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クラスリン (Clathrin)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (2)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (5)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (9)
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リシン (Ricin)
類似性 (4)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
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類似性 (3)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
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カスパーゼ (Caspases)
類似性 (3)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (2)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin thioesterase OTU1

B: Ubiquitin

ヘテロ分子

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.304, 73.215, 88.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin thioesterase OTU1 / E.C.3.4.19.12 / Otu1 / OTU domain-containing protein 1 分子量: 23869.035 Da / 分子数: 1 / 断片: Otu domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: Otu1 / プラスミド: pTYB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43558, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質	Ubiquitin / Ubiquitin B 分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: propylamine added by intein-mediated ligation / 遺伝子: ubiquitin B / プラスミド: pTYB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-3CN / 3-AMINOPROPANE / プロピルアミン分子量: 59.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Bis-Tris, Magnesium Chloride, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	1.0722, 1.7025, 1.0450
シンクロトロン	APS	18-ID	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2005年3月25日
MARRESEARCH	2	CCD	2005年3月25日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	MAD	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0722	1
2	1.7025	1
3	1.045	1
4	0.9795	1

Reflection

冗長度: 7.5 % / Av σ(I) over netI: 21.3 / 数: 295410 / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.04 / D res high: 1.55 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 39220 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.3	20	99	1	0.114	1.089	7.8
3.42	4.3	99.9	1	0.081	1.025	7.2
2.99	3.42	99.9	1	0.074	1.097	7.5
2.71	2.99	100	1	0.077	1.051	7.6
2.52	2.71	99.9	1	0.08	1.096	7.6
2.37	2.52	100	1	0.088	1.021	7.6
2.25	2.37	100	1	0.099	1.003	7.6
2.15	2.25	100	1	0.128	1.023	7.5
2.07	2.15	100	1	0.137	1.026	7.5
2	2.07	100	1	0.164	1.015	7.5

反射

解像度: 1.55→37.99 Å / Num. obs: 44240 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 31.2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1.55	37.99	0	0	39826	4339
ISO_2	1.55	37.99	0.263	0.252	32188	3824
ISO_3	1.55	37.99	0.584	0.617	35837	4089
ANO_1	1.55	37.99	1.37	0	39778	0
ANO_2	1.55	37.99	0.684	0	32176	0
ANO_3	1.55	37.99	0.727	0	35858	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	6.82-37.99	0	0	375	192
ISO_1	4.87-6.82	0	0	765	224
ISO_1	3.98-4.87	0	0	1015	223
ISO_1	3.45-3.98	0	0	1209	216
ISO_1	3.09-3.45	0	0	1394	220
ISO_1	2.82-3.09	0	0	1555	220
ISO_1	2.62-2.82	0	0	1690	218
ISO_1	2.45-2.62	0	0	1826	227
ISO_1	2.31-2.45	0	0	1963	233
ISO_1	2.19-2.31	0	0	2081	223
ISO_1	2.09-2.19	0	0	2180	228
ISO_1	2-2.09	0	0	2286	230
ISO_1	1.92-2	0	0	2392	221
ISO_1	1.85-1.92	0	0	2490	217
ISO_1	1.79-1.85	0	0	2590	223
ISO_1	1.73-1.79	0	0	2703	229
ISO_1	1.68-1.73	0	0	2757	230
ISO_1	1.63-1.68	0	0	2850	227
ISO_1	1.59-1.63	0	0	2892	189
ISO_1	1.55-1.59	0	0	2813	149
ANO_1	6.82-37.99	3.073	0	371	0
ANO_1	4.87-6.82	4.413	0	765	0
ANO_1	3.98-4.87	2.91	0	1015	0
ANO_1	3.45-3.98	2.374	0	1208	0
ANO_1	3.09-3.45	2.221	0	1394	0
ANO_1	2.82-3.09	2.073	0	1554	0
ANO_1	2.62-2.82	1.864	0	1689	0
ANO_1	2.45-2.62	1.574	0	1823	0
ANO_1	2.31-2.45	1.268	0	1963	0
ANO_1	2.19-2.31	0.964	0	2080	0
ANO_1	2.09-2.19	0.76	0	2180	0
ANO_1	2-2.09	0.599	0	2285	0
ANO_1	1.92-2	0.485	0	2392	0
ANO_1	1.85-1.92	0.361	0	2489	0
ANO_1	1.79-1.85	0.291	0	2590	0
ANO_1	1.73-1.79	0.24	0	2703	0
ANO_1	1.68-1.73	0.197	0	2756	0
ANO_1	1.63-1.68	0.171	0	2850	0
ANO_1	1.59-1.63	0.132	0	2876	0
ANO_1	1.55-1.59	0.116	0	2795	0
ISO_2	6.82-37.99	0.621	0.489	375	190
ISO_2	4.87-6.82	0.529	0.414	765	223
ISO_2	3.98-4.87	0.344	0.237	1015	221
ISO_2	3.45-3.98	0.296	0.221	1209	210
ISO_2	3.09-3.45	0.276	0.178	1394	217
ISO_2	2.82-3.09	0.273	0.197	1555	220
ISO_2	2.62-2.82	0.262	0.173	1690	217
ISO_2	2.45-2.62	0.234	0.152	1823	227
ISO_2	2.31-2.45	0.19	0.122	1963	233
ISO_2	2.19-2.31	0.147	0.111	2081	223
ISO_2	2.09-2.19	0.133	0.092	2179	228
ISO_2	2-2.09	0.109	0.075	2286	229
ISO_2	1.92-2	0.095	0.071	2392	221
ISO_2	1.85-1.92	0.065	0.048	2490	217
ISO_2	1.79-1.85	0.064	0.05	2590	222
ISO_2	1.73-1.79	0.056	0.035	2702	228
ISO_2	1.68-1.73	0.044	0.032	2749	229
ISO_2	1.63-1.68	0.039	0.032	930	69
ISO_2	1.59-1.63	0	0	0	0
ISO_2	1.55-1.59	0	0	0	0
ANO_2	6.82-37.99	1.745	0	376	0
ANO_2	4.87-6.82	3.726	0	764	0
ANO_2	3.98-4.87	2.721	0	1014	0
ANO_2	3.45-3.98	2.283	0	1208	0
ANO_2	3.09-3.45	2.241	0	1393	0
ANO_2	2.82-3.09	1.777	0	1552	0
ANO_2	2.62-2.82	1.331	0	1689	0
ANO_2	2.45-2.62	0.934	0	1821	0
ANO_2	2.31-2.45	0.669	0	1963	0
ANO_2	2.19-2.31	0.431	0	2080	0
ANO_2	2.09-2.19	0.306	0	2179	0
ANO_2	2-2.09	0.212	0	2286	0
ANO_2	1.92-2	0.159	0	2392	0
ANO_2	1.85-1.92	0.122	0	2489	0
ANO_2	1.79-1.85	0.103	0	2590	0
ANO_2	1.73-1.79	0.093	0	2702	0
ANO_2	1.68-1.73	0.078	0	2748	0
ANO_2	1.63-1.68	0.075	0	930	0
ANO_2	1.59-1.63	0	0	0	0
ANO_2	1.55-1.59	0	0	0	0
ISO_3	6.82-37.99	0.969	1.19	375	188
ISO_3	4.87-6.82	2.436	1.21	765	224
ISO_3	3.98-4.87	1.821	0.989	1015	219
ISO_3	3.45-3.98	1.68	0.995	1209	210
ISO_3	3.09-3.45	1.607	0.942	1391	216
ISO_3	2.82-3.09	1.425	0.859	1553	219
ISO_3	2.62-2.82	1.208	0.688	1684	216
ISO_3	2.45-2.62	0.938	0.563	1826	226
ISO_3	2.31-2.45	0.707	0.384	1963	231
ISO_3	2.19-2.31	0.51	0.297	2081	223
ISO_3	2.09-2.19	0.387	0.213	2180	228
ISO_3	2-2.09	0.265	0.167	2286	230
ISO_3	1.92-2	0.198	0.123	2392	220
ISO_3	1.85-1.92	0.141	0.088	2490	217
ISO_3	1.79-1.85	0.113	0.089	2590	222
ISO_3	1.73-1.79	0.091	0.058	2702	223
ISO_3	1.68-1.73	0.071	0.053	2755	230
ISO_3	1.63-1.68	0.056	0.04	2850	226
ISO_3	1.59-1.63	0.047	0.039	1730	121
ISO_3	1.55-1.59	0	0	0	0
ANO_3	6.82-37.99	1.739	0	379	0
ANO_3	4.87-6.82	3.266	0	765	0
ANO_3	3.98-4.87	2.635	0	1015	0
ANO_3	3.45-3.98	1.926	0	1209	0
ANO_3	3.09-3.45	1.996	0	1393	0
ANO_3	2.82-3.09	1.705	0	1557	0
ANO_3	2.62-2.82	1.426	0	1683	0
ANO_3	2.45-2.62	1.029	0	1827	0
ANO_3	2.31-2.45	0.764	0	1962	0
ANO_3	2.19-2.31	0.529	0	2081	0
ANO_3	2.09-2.19	0.387	0	2180	0
ANO_3	2-2.09	0.284	0	2286	0
ANO_3	1.92-2	0.211	0	2392	0
ANO_3	1.85-1.92	0.16	0	2490	0
ANO_3	1.79-1.85	0.129	0	2590	0
ANO_3	1.73-1.79	0.105	0	2702	0
ANO_3	1.68-1.73	0.089	0	2755	0
ANO_3	1.63-1.68	0.079	0	2850	0
ANO_3	1.59-1.63	0.072	0	1742	0
ANO_3	1.55-1.59	0	0	0	0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.55→37.99 Å / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	2221	5.02 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.191	44240	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 11.53 Å² / B_iso mean: 32.26 Å² / B_iso min: 119.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.179 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.313 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.465 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1956	0	4	144	2104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	2686
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	345
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.297	737

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.584	0.296	120	0.227	2375	2495	90
1.584-1.621	0.277	158	0.205	2495	2653	97
1.621-1.661	0.25	130	0.181	2607	2737	100
1.661-1.706	0.228	151	0.163	2618	2769	100
1.706-1.756	0.219	134	0.149	2600	2734	100
1.756-1.813	0.211	132	0.144	2610	2742	100
1.813-1.878	0.197	133	0.138	2645	2778	100
1.878-1.953	0.163	124	0.134	2625	2749	100
1.953-2.042	0.202	169	0.144	2615	2784	100
2.042-2.149	0.196	150	0.144	2617	2767	100
2.149-2.284	0.18	122	0.153	2670	2792	100
2.284-2.46	0.188	132	0.164	2658	2790	100
2.46-2.708	0.193	143	0.177	2674	2817	100
2.708-3.099	0.234	118	0.2	2694	2812	100
3.099-3.905	0.195	143	0.191	2701	2844	100
3.905-38.001	0.205	162	0.216	2815	2977	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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