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- PDB-3bww: Crystal structure of a duf692 family protein (hs_1138) from haemo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bww
タイトルCrystal structure of a duf692 family protein (hs_1138) from haemophilus somnus 129pt at 2.20 A resolution
要素Protein of unknown function DUF692/COG3220
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein family UPF0276 / RiPP precursor modification enzyme MbnB/TglH/ChrH / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus somnus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function (DUF692/COG3220) (YP_719350.1) from Haemophilus somnus 129PT at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein of unknown function DUF692/COG3220
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9636
ポリマ－35,5901
非ポリマー3735
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.572, 65.992, 95.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein of unknown function DUF692/COG3220


分子量: 35590.387 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 62-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haemophilus somnus (バクテリア) / 生物種: Histophilus somni / 株: 129PT / 遺伝子: YP_719350.1, HS_1138 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q0I408
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.33
詳細: NANODROP, 7.5% PEG 8000, 34.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.33, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91840, 0.97939, 0.97953
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月27日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.979391
30.979531
反射解像度: 2.2→28.689 Å / Num. obs: 17792 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.907 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.263.60.60.7456712850.6100
2.26-2.323.70.7311465612650.731100
2.32-2.393.70.4611.5450112140.461100
2.39-2.463.70.3821.8444412030.382100
2.46-2.543.70.3412.1429811620.341100
2.54-2.633.70.2722.6413311210.272100
2.63-2.733.70.2213.2398510870.221100
2.73-2.843.60.1883.7384210530.188100
2.84-2.973.70.1534.6369510040.153100
2.97-3.113.70.1295.234739500.129100
3.11-3.283.70.1076.234149290.107100
3.28-3.483.60.0877.231688760.087100
3.48-3.723.60.0836.829008140.083100
3.72-4.023.60.078.827507720.07100
4.02-4.43.60.05610.825927260.056100
4.4-4.923.50.0571022796440.05799.9
4.92-5.683.50.0677.420325800.06799.7
5.68-6.963.40.0767.816924930.07699.4
6.96-9.843.40.0578.913383920.05798.7
9.84-28.6893.10.0745.66852220.07494

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.689 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 17.664 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.214
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. THE PRESENCE OF IRON AND ARSENIC WERE CONFIRMED BY X-RAY FLUORESCENCE. THE METAL IDENTITY AT THE INDIVIDUAL FE AND CACODYLATE ION SITES WAS BASED ON ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP COMPARISONS WITH DATA COLLECTED ABOVE AND BELOW THE FOLLOWING K ABSORPTION EDGES: FE, ZN, AS AND SE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 883 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 17291 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.101 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20 Å20 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----2.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.689 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 15 123 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.9582843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0133371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4715261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28524.47996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66215348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8121510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.289
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2780.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3230.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8181.51338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1471.5520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4522086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1433863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1094.5757
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.591 42 -
Rwork0.452 924 -
all-966 -
obs--75.23 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.6318 Å / Origin y: 40.609 Å / Origin z: 15.4131 Å
111213212223313233
T-0.1547 Å20.0492 Å20.0167 Å2--0.191 Å20.0362 Å2---0.1752 Å2
L0.9469 °20.299 °20.2255 °2-1.2623 °2-0.514 °2--4.2166 °2
S0.0621 Å °-0.1299 Å °-0.111 Å °0.1259 Å °0.0217 Å °0.0099 Å °0.164 Å °0.0284 Å °-0.0838 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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