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- PDB-3bsn: Norwalk Virus polymerase bound to 5-nitrocytidine triphosphate an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bsn
タイトルNorwalk Virus polymerase bound to 5-nitrocytidine triphosphate and primer-template RNA
要素
  • RNA (5'-R(*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*(N5M))-3')
  • RNA dependent RNA polymerase
キーワードTransferase/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / viral replication / antiviral enzyme inhibitor / Helicase / Hydrolase / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / RNA replication / RNA-directed RNA polymerase / Transferase / Transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Helix non-globular / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5-nitrocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / RNA / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Norwalk virus (ノロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zamyatkin, D.F. / Ng, K.K.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into mechanisms of catalysis and inhibition in norwalk virus polymerase.
著者: Zamyatkin, D.F. / Parra, F. / Alonso, J.M. / Harki, D.A. / Peterson, B.R. / Grochulski, P. / Ng, K.K.
履歴
登録2007年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA dependent RNA polymerase
P: RNA (5'-R(*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
T: RNA (5'-R(*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*(N5M))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,37011
ポリマ－62,3093
非ポリマー1,0618
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.310, 93.850, 96.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA dependent RNA polymerase


分子量: 56843.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 属: Norovirus / 株: Ast6139/01/Sp / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q70ET3, RNA-directed RNA polymerase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2557.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized self-complementary RNA oligonucleotide with 2-base overhang
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*(N5M))-3')


分子量: 2907.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized self-complementary RNA oligonucleotide that was extended by a single 5-nitrocytidine monophosphate residue during crystallization

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非ポリマー , 4種, 355分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-N5C / 5-nitrocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)


分子量: 528.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O16P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 25% (w/v) glycerol, 100 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, 14 mM 2-mercaptoethanol, 0.1% (w/v) CHAPS, 0.5 mM RNA duplex, 1 mM NTP, 0.03 mM polymerase, pH 7. ...詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 25% (w/v) glycerol, 100 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, 14 mM 2-mercaptoethanol, 0.1% (w/v) CHAPS, 0.5 mM RNA duplex, 1 mM NTP, 0.03 mM polymerase, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2glycerol11
3Tris-HCl11
4KCl11
5MgCl211
6MnCl211
72-mercaptoethanol11
8CHAPS11
9NTP11
10PEG 800012
11glycerol12
12Tris-HCl12
13KCl12
14MgCl212
15MnCl212
162-mercaptoethanol12
17CHAPS12
18NTP12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月9日
詳細: White beam slits, cryo-cooled first and sagittally bent second crystal of double crystal monochromator (DCM), vertically focusing mirror (VFM)
放射モノクロメーター: sagittally bent second crystal of double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 58959 / Num. obs: 58959 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.97 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 11566 / Rsym value: 0.614 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1SH0

1sh0


解像度: 1.8→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.291 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23585 2989 5.1 %RANDOM
Rwork0.20069 ---
all0.20251 58959 --
obs0.20251 58754 93.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.09 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3762 361 59 347 4529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg12.0935925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8765477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59923.75160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97215669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.961524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.21939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.22912
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0990.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0880.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.84522469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5762.53883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5743.52252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8844.52042
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 156 -
Rwork0.314 2791 -
obs-2947 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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