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- PDB-3bsb: Crystal Structure of Human Pumilio1 in Complex with CyclinB rever... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bsb
タイトルCrystal Structure of Human Pumilio1 in Complex with CyclinB reverse RNA
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*U)-3'
  • Pumilio homolog 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Protein-RNA Complex / Alternative splicing / Cytoplasm / Phosphoprotein / RNA-binding / Translation regulation / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / mRNA destabilization / regulation of mRNA stability / adult locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / stem cell differentiation / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / spermatogenesis / regulation of cell cycle / axon / RNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Pumilio homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gupta, Y.K. / Nair, D.T. / Wharton, R.P. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structures of human Pumilio with noncognate RNAs reveal molecular mechanisms for binding promiscuity.
著者: Gupta, Y.K. / Nair, D.T. / Wharton, R.P. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2007年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*UP*UP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*U)-3'
A: Pumilio homolog 1
B: Pumilio homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4143
ポリマ－82,4143
非ポリマー00
水2,612145
1
C: 5'-R(*UP*UP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*U)-3'
B: Pumilio homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6052
ポリマ－42,6052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
2
A: Pumilio homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8091
ポリマ－39,8091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.874, 64.292, 321.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*U)-3'


分子量: 2795.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Pumilio homolog 1 / Pumilio-1 / HsPUM


分子量: 39808.945 Da / 分子数: 2 / Fragment: Pumilio-Puf domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUM1, KIAA0099, PUMH1 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD / 参照: UniProt: Q14671
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Hanging drop, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1H2O11
2H2O12

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID10.979
シンクロトロンAPS 17-BM20.918
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2006年8月4日Mirror
MAR CCD 165 mm2CCD2006年12月8日Mirror
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9181
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 30457 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.72 / Num. unique all: 1254 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 67.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M8Y

1m8y


解像度: 2.8→25.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 59076.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2352 7.7 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 17996 86.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.9824 Å2 / ksol: 0.304542 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.32 Å20 Å20 Å2
2--18.28 Å20 Å2
3----12.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5491 184 0 145 5820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 296 8.3 %
Rwork0.319 3262 -
obs--60.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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