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- PDB-3brw: Structure of the Rap-RapGAP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3brw
タイトルStructure of the Rap-RapGAP complex
要素
  • Rap1 GTPase-activating protein 1
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードGTP BINDING PROTEIN / GAP / G PROTEINS / GTPASE / RAP / GTPASE ACTIVATION / GTP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microvillus assembly / negative regulation of thyroid gland epithelial cell proliferation / cellular response to glial cell derived neurotrophic factor / Rap protein signal transduction / regulation of cell junction assembly / modification of postsynaptic structure / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis ...negative regulation of microvillus assembly / negative regulation of thyroid gland epithelial cell proliferation / cellular response to glial cell derived neurotrophic factor / Rap protein signal transduction / regulation of cell junction assembly / modification of postsynaptic structure / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of GTPase activity / regulation of establishment of cell polarity / azurophil granule membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / RET signaling / negative regulation of neuron differentiation / cellular response to cAMP / lipid droplet / Integrin signaling / positive regulation of GTPase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / GTPase activator activity / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / G protein activity / adaptive immune response / early endosome / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / axon / Golgi membrane / neuronal cell body / GTPase activity / dendrite / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / glutamatergic synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #160 / : / Rap/Ran-GAP protein dimerization domain / Rap/Ran-GAP / Rap/Ran-GAP domain / Rap/Ran-GAP superfamily / Rap/ran-GAP / Rap GTPase activating proteins domain profile. / GoLoco motif / GoLoco motif ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #160 / : / Rap/Ran-GAP protein dimerization domain / Rap/Ran-GAP / Rap/Ran-GAP domain / Rap/Ran-GAP superfamily / Rap/ran-GAP / Rap GTPase activating proteins domain profile. / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Ras-related protein Rap1 / Arylsulfatase, C-terminal domain / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rap1 GTPase-activating protein 1 / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Scrima, A. / Thomas, C. / Deaconescu, D. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: The Rap-RapGAP complex: GTP hydrolysis without catalytic glutamine and arginine residues
著者: Scrima, A. / Thomas, C. / Deaconescu, D. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rap1 GTPase-activating protein 1
B: Rap1 GTPase-activating protein 1
C: Rap1 GTPase-activating protein 1
D: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2587
ポリマ－135,7244
非ポリマー5343
水18010
1
A: Rap1 GTPase-activating protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9011
ポリマ－38,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rap1 GTPase-activating protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9011
ポリマ－38,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rap1 GTPase-activating protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9011
ポリマ－38,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5544
ポリマ－19,0211
非ポリマー5343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.723, 209.723, 108.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Rap1 GTPase-activating protein 1 / Rap1GAP1 / Rap1GAP


分子量: 38901.250 Da / 分子数: 3 / 断片: Rap1GAP, UNP residues 75-415 / 変異: Q204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1GAP / プラスミド: pGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P47736
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B / プラスミド: ptac / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P61224

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非ポリマー , 4種, 13分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.061804 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.700363 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→182.57 Å / Num. all: 37639 / Num. obs: 37639 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 15.48
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SRQ for Rap1GAP

1srq


解像度: 3.4→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 26.796 / SU ML: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; Molecules B and D, representing the Rap1GAP-Rap1B complex, are well defined with average B-factors of 82 and 76. Rap1GAP molecules A and C ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; Molecules B and D, representing the Rap1GAP-Rap1B complex, are well defined with average B-factors of 82 and 76. Rap1GAP molecules A and C are partially highly flexible and ill defined resulting in B-factors of 100 and 120, respectively.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28043 1878 5 %RANDOM
Rwork0.23389 ---
obs0.23624 35759 99.16 %-
all-37637 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.485 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.21 Å22.1 Å20 Å2
2--4.21 Å20 Å2
3----6.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9422 0 33 10 9465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.96313094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.00751167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00924.232482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.627151655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5891554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.24102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.26475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0430.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0830.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.55961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79829442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.48534107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.844.53652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 128 -
Rwork0.333 2637 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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