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- PDB-3bq7: SAM domain of Diacylglycerol Kinase delta1 (E35G) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bq7
タイトルSAM domain of Diacylglycerol Kinase delta1 (E35G)
要素Diacylglycerol kinase delta
キーワードTRANSFERASE / SAM domain / polymerization domain / Alternative splicing / Cytoplasm / Kinase / Membrane / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein kinase C signaling / lipid phosphorylation / diacylglycerol metabolic process / diacylglycerol kinase (ATP) / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / diacylglycerol binding / Effects of PIP2 hydrolysis / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...negative regulation of protein kinase C signaling / lipid phosphorylation / diacylglycerol metabolic process / diacylglycerol kinase (ATP) / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / diacylglycerol binding / Effects of PIP2 hydrolysis / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / clathrin-coated pit / platelet activation / kinase binding / endocytosis / protein transport / cytoplasmic vesicle / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol kinase delta, SAM domain / : / : / Diacylglycerol kinase / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. ...Diacylglycerol kinase delta, SAM domain / : / : / Diacylglycerol kinase / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Transcription Factor, Ets-1 / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / C1-like domain superfamily / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / DNA polymerase; domain 1 / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Diacylglycerol kinase delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Knight, M.J. / Bowie, J.U. / Sawaya, M.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Regulation of Enzyme Localization by Polymerization: Polymer Formation by the SAM Domain of Diacylglycerol Kinase delta1
著者: Harada, B.T. / Knight, M.J. / Imai, S. / Qiao, F. / Ramachander, R. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Sakane, F. / Bowie, J.U.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol kinase delta
B: Diacylglycerol kinase delta
C: Diacylglycerol kinase delta
D: Diacylglycerol kinase delta
E: Diacylglycerol kinase delta
F: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6076
ポリマ－57,6076
非ポリマー00
水00
1
A: Diacylglycerol kinase delta
B: Diacylglycerol kinase delta

A: Diacylglycerol kinase delta
B: Diacylglycerol kinase delta

A: Diacylglycerol kinase delta
B: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6076
ポリマ－57,6076
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+2/31
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
2
C: Diacylglycerol kinase delta
F: Diacylglycerol kinase delta

C: Diacylglycerol kinase delta
F: Diacylglycerol kinase delta

C: Diacylglycerol kinase delta
F: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6076
ポリマ－57,6076
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z+2/31
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z+1/31
3
D: Diacylglycerol kinase delta
E: Diacylglycerol kinase delta

D: Diacylglycerol kinase delta
E: Diacylglycerol kinase delta

D: Diacylglycerol kinase delta
E: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6076
ポリマ－57,6076
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z+1/31
4
A: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6011
ポリマ－9,6011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6011
ポリマ－9,6011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
C: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6011
ポリマ－9,6011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
D: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6011
ポリマ－9,6011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
E: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6011
ポリマ－9,6011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
F: Diacylglycerol kinase delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6011
ポリマ－9,6011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.079, 108.079, 33.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Diacylglycerol kinase delta / Diglyceride kinase delta / DGK-delta / DAG kinase delta / 130 kDa diacylglycerol kinase


分子量: 9601.126 Da / 分子数: 6 / 断片: SAM domain / 変異: E35G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DGKD, KIAA0145 / プラスミド: pET-3c / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLyseS / 参照: UniProt: Q16760, diacylglycerol kinase (ATP)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: dibasic ammonium phosphate, tris, NaCl, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.464
反射解像度: 2.9→90 Å / Num. all: 18986 / Num. obs: 18986 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-31.90.34418731.03695.4
3-3.1220.27218731.04997.9
3.12-3.2720.18719041.04898.3
3.27-3.4420.1319321.12298.5
3.44-3.6520.09318841.03298
3.65-3.942.10.07418321.14998.3
3.94-4.332.10.06219781.1298.8
4.33-4.962.10.06218911.07499
4.96-6.252.10.0619111.09298.6
6.25-902.10.05119081.11298.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
BOSデータ収集
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 2F3N

2f3n


解像度: 2.9→54.04 Å / σ(F): 6 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The data is hemihedral twinning with twinning operator: -h,-k,l and corresponding twinned fraction: 0.464027
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 869 9 %random
Rwork0.25 ---
obs0.254 9650 99.4 %-
all-9650 --
溶媒の処理Bsol: 100.123 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 73.464 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.655 Å20 Å20 Å2
2---0.655 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→54.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 0 0 3320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5262
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5632.5
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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