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万見
- PDB-3bp1: Crystal structure of putative 7-cyano-7-deazaguanine reductase Qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bp1
タイトルCrystal structure of putative 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
要素NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / queuosine biosynthetic process / tRNA modification / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF type 2 / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal / Nitrile reductase, 7-cyano-7-deazaguanine-reductase N-term / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / : / QueF-like protein / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / : / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: High-resolution structure of the nitrile reductase QueF combined with molecular simulations provide insight into enzyme mechanism.
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Moy, S. / Morales, J. / Cunningham, M.A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE CLOSEST SEQUENCE MATCH FOR THIS ENTRY IS AN UNIPROT ENTRY A6Y463_VIBCH, OF THE VIBRIO ... SEQUENCE THE CLOSEST SEQUENCE MATCH FOR THIS ENTRY IS AN UNIPROT ENTRY A6Y463_VIBCH, OF THE VIBRIO CHOLERAE RC385 STRAIN. AUTHORS STATE THAT THE SOURCE OF THEIR PROTEIN IS VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR ELTOR STRAIN N16961, NCBI ACCESSION AAF94064, GI:9655358.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,83618
ポリマ－133,2614
非ポリマー1,57514
水21,2041177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4189
ポリマ－66,6312
非ポリマー7877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
手法PISA
3
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4189
ポリマ－66,6312
非ポリマー7877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.517, 71.578, 71.511
Angle α, β, γ (deg.)119.25, 110.18, 99.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7-cyano-7-carbaguanine reductase / PreQ(0) reductase / NADPH-dependent nitrile oxidoreductase


分子量: 33315.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌)
生物種: Vibrio cholerae / 株: El Tor Inaba N16961 / Serotype O1 / 遺伝子: queF, VC_0902 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A6Y463, UniProt: Q9KTK0*PLUS, preQ1 synthase

-
非ポリマー , 5種, 1191分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#5: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04M Sodium dihydrogen phosphate, 0.96M Di-potassium hydrogen phosphate, GTP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月29日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. all: 149957 / Num. obs: 149957 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 12259 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 76.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.53→26.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.773 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.079
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: Program PHENIX has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 7527 5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.145 142270 --
obs0.145 142270 93.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.18 Å2-0.29 Å2
2--0.89 Å21.12 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→26.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8197 0 94 1177 9468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0219589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.94813200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1351238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.44824.981526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.391151604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0711565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.24890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.26690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1240.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.521.55974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.28929543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20834128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3934.53657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.995310102
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.27431179
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.44639300
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 396 -
Rwork0.178 7702 -
obs-1198 68.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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