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- PDB-3bos: Crystal structure of a putative dna replication regulator HDA (SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bos
タイトルCrystal structure of a putative dna replication regulator HDA (SAMA_1916) from Shewanella amazonensis sb2b at 1.75 A resolution
要素Putative DNA replication factor
キーワードHYDROLASE REGULATOR / DNA BINDING PROTEIN / P-LOOP CONTAINING NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE HYDROLASES / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication origin binding / DNA replication initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
DnaA regulatory inactivator Hda / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle ...DnaA regulatory inactivator Hda / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / THIOCYANATE ION / Regulatory inactivation of DnaA Hda protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella amazonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: A structural basis for the regulatory inactivation of DnaA.
著者: Xu, Q. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elsliger, M.A. / Feuerhelm, J. / Hale, J. / Han, ...著者: Xu, Q. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elsliger, M.A. / Feuerhelm, J. / Hale, J. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Johnson, H.A. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Sri Krishna, S. / Kumar, A. / Marciano, D. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Nopakun, A. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Puckett, C. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Sefcovic, N. / Trame, C. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Structure summary
改定 1.32011年11月23日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA replication factor
B: Putative DNA replication factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,87123
ポリマ－55,0302
非ポリマー1,84021
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.037, 64.032, 153.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 12 - 241 / Label seq-ID: 13 - 242

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative DNA replication factor


分子量: 27515.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella amazonensis (バクテリア)
株: SB2B / 遺伝子: YP_927791.1, Sama_1916 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1S6W5

-
非ポリマー , 7種, 575分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: NANODROP, 0.2M Sodium thiocyanate, 20% PEG 3350, No Buffer pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97932, 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
20.918371
反射解像度: 1.75→29.553 Å / Num. obs: 55436 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.75-1.83.70.6431.21499040670.643100
1.8-1.843.70.541.41458539500.54100
1.84-1.93.70.4391.71430438640.439100
1.9-1.963.70.3282.21380637380.328100
1.96-2.023.70.262.91338036280.26100
2.02-2.093.70.2123.51294835020.212100
2.09-2.173.70.1744.31267334210.174100
2.17-2.263.70.1564.41201932500.156100
2.26-2.363.70.1375.31176531730.137100
2.36-2.473.70.1225.91117430150.122100
2.47-2.613.70.116.51063328550.1199.9
2.61-2.773.70.0986.91014627440.09899.9
2.77-2.963.70.0936.9937525380.09399.9
2.96-3.23.70.0877.2886423950.08799.7
3.2-3.53.70.0738.3818522130.07399.5
3.5-3.913.70.0639.7737719910.06399.5
3.91-4.523.70.0639.2647717610.06398.7
4.52-5.533.70.0619.5549414990.06198.2
5.53-7.833.60.0649.7417411740.06497.9
7.83-29.5533.40.069.722216580.0694.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.553 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.072 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. CDP AND MAGNESIUM ARE MODELED BASED ON ELECTRON DENSITY, HOMOLOGOUS STRUCTURES, COORDINATION AS WELL AS HYDROGEN BONDING. THE CDP DENSITY CAN ALSO FIT UDP, BUT WITH SLIGHTLY LESS FAVORABLE HYDROGEN BOND INTERACTIONS. 5. CHLORIDE, SODIUM, ETHYLENE GLYCOL (EDO) AND THIOCYNATE (SCN) ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 6. THE DENSITY FOR RESIDUES A32-33, B102-103 ARE POOR. THE MODEL WAS BUILT BASED ON THE OTHER WELL ORDERED SUBUNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 2813 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.168 55402 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 113 554 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223873
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.47425265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9836491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4915500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.63823.054167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44215657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1321534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02791
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21926
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4940.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3510.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.58532359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.723945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55153799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.45681514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.212111444
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1320MEDIUM POSITIONAL0.50.5
1540LOOSE POSITIONAL0.835
1320MEDIUM THERMAL1.512
1540LOOSE THERMAL2.7310
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 195 -
Rwork0.227 3869 -
all-4064 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1161-0.63840.23811.1216-0.19341.2843-0.00040.0133-0.14830.04790.01370.09380.16920.0865-0.0133-0.00810.0189-0.007-0.06450.00460.000552.89254.383123.1132
21.4057-0.08750.82670.6491-0.4462.134-0.03390.1084-0.1982-0.0980.0269-0.07860.29480.08740.007-0.0263-0.00710.0238-0.0111-0.0155-0.032652.633765.2947-5.0162
30.8363-0.1620.10610.3869-0.13821.0811-0.00770.0738-0.0738-0.00620.00670.0142-0.0185-0.10120.001-0.06190.0019-0.0057-0.0267-0.0009-0.032631.803472.411815.1489
41.74740.46660.66511.3948-0.52142.75360.1456-0.0693-0.23090.0967-0.0602-0.10590.1511-0.105-0.0854-0.011-0.0391-0.0279-0.06030.0183-0.011739.290771.35744.3286
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 17413 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2AA175 - 241176 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3BB11 - 17412 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4BB175 - 241176 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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