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Yorodumi- PDB-3bo6: Structure of the Chromobacterium violaceum VirA (SpvC) Phosphothr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bo6 | ||||||
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Title | Structure of the Chromobacterium violaceum VirA (SpvC) Phosphothreonine Lyase effector protein | ||||||
Components | Hydrophilic protein, virA protein | ||||||
Keywords | LYASE / alpha/beta fold of phosphothreonine lyase | ||||||
Function / homology | Phosphothreonine lyase fold / phosphothreonine lyase / OspF/SpvC / OspF/SpvC superfamily / Salmonella virulence-associated 28kDa protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Hydrophilic protein, virA protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Chromobacterium violaceum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / molecular replacement / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Brennan, D.F. / Roe, S.M. / Barford, D. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure and Mechanism of the Chromobacterium violaceum VirA Phosphothreonine Lyase Type III Secretion System Effector Authors: Brennan, D.F. / Roe, S.M. / Barford, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bo6.cif.gz | 214.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bo6.ent.gz | 171.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bo6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3bo6_validation.pdf.gz | 450.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3bo6_full_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | |
Data in XML | 3bo6_validation.xml.gz | 25.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3bo6_validation.cif.gz | 39.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3bo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3bo6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25190.898 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 24-241 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Codon optimised gene synthesis / Source: (gene. exp.) Chromobacterium violaceum (bacteria) / Strain: ATCC 12472 / Gene: spvC / Plasmid: pOPINF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q7NYG6, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on phosphates #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow |
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.4→59.888 Å / Num. all: 75030 / Num. obs: 74121 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 6 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing |
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.4→41.094 Å / FOM work R set: 0.889 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ml / Details: The structure was refined also with REFMAC 5.2
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Solvent computation | Bsol: 81.598 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.68 Å2 / Biso mean: 16.31 Å2 / Biso min: 2.82 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→41.094 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 9.3364 Å / Origin y: -13.7544 Å / Origin z: 9.7711 Å
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Refinement TLS group | Selection details: chain A 22-241 |