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万見
- PDB-3bnf: W. succinogenes NrfA Sulfite Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bnf
タイトルW. succinogenes NrfA Sulfite Complex
要素Cytochrome c-552
キーワードOXIDOREDUCTASE / c-type cytochrome / nitrite reductase / sulfite complex / Calcium / Electron transport / Heme / Iron / Metal-binding / Periplasm / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / : / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle ...Formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SULFITE ION / YTTRIUM ION / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Wolinella succinogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lukat, P. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Binding and Reduction of Sulfite by Cytochrome c Nitrite Reductase
著者: Lukat, P. / Rudolf, M. / Stach, P. / Messerschmidt, A. / Kroneck, P.M.H. / Simon, J. / Einsle, O.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,93113
ポリマ－55,3441
非ポリマー3,58712
水11,512639
1
A: Cytochrome c-552
ヘテロ分子

A: Cytochrome c-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,86226
ポリマ－110,6872
非ポリマー7,17524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
Buried area17990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.500, 119.500, 186.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

Y1

21A-901-

HOH

31A-977-

HOH

41A-1033-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome c-552 / Ammonia-forming cytochrome c nitrite reductase / Cytochrome c nitrite reductase


分子量: 55343.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Wolinella succinogenes (バクテリア)
参照: UniProt: Q9S1E5, nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)

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非ポリマー , 6種, 651分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物 ChemComp-Y1 / YTTRIUM ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, yttrium chloride, acetate buffer, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 74335 / Num. obs: 73146 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.595 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FS7

1fs7


解像度: 1.7→22.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.125 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27954 3660 5.1 %RANDOM
Rwork0.23266 ---
obs0.235 68471 97.23 %-
all-74334 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 231 639 4685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7782.1095672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9035480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59225182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45115707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7321514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.22567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22800
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0540.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0380.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.52455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55623809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5532021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5464.51853
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 272 -
Rwork0.326 4875 -
obs--95.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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