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- PDB-3bm4: Crystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bm4
タイトルCrystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In complex with magnesium and AMPcpr
要素ADP-sugar pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Nudix domain / ADPR / ADP-ribose pyrophosphatase / NUDT5 / molecular mechanism / substrate specificity / Magnesium / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / D-ribose catabolic process / ADP-ribose diphosphatase activity / 8-oxo-GDP phosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process ...ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / D-ribose catabolic process / ADP-ribose diphosphatase activity / 8-oxo-GDP phosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / nucleotide metabolic process / snoRNA binding / nucleotidyltransferase activity / chromatin remodeling / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-BETA METHYLENE ADP-RIBOSE / ADP-sugar pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zha, M. / Guo, Q. / Zhang, Y. / Zhong, C. / Ou, Y. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular Mechanism of ADP-Ribose Hydrolysis By Human NUDT5 From Structural and Kinetic Studies
著者: Zha, M. / Guo, Q. / Zhang, Y. / Yu, B. / Ou, Y. / Zhong, C. / Ding, J.
履歴
登録2007年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-sugar pyrophosphatase
B: ADP-sugar pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,75910
ポリマ－46,4992
非ポリマー1,2618
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.394, 41.168, 99.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ADP-sugar pyrophosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 5 / Nudix motif 5 / YSA1H / ADP-ribose pyrophosphatase NUDT5


分子量: 23249.260 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT5 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UKK9, ADP-ribose diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADV / ALPHA-BETA METHYLENE ADP-RIBOSE / AMPCPR / {[5-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLMETHOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYLMETHYL}-PHOSPHONIC ACID MONO-(3,4,5-TRIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLMETHYL) ESTER


分子量: 557.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O13P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 29% PEG 4000, 0.25M sodium acetate, 0.1M tris hydrochloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 26842 / Num. obs: 26406 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.075.20.09326231.1498.8
2.07-2.155.20.0826651.13399.5
2.15-2.255.30.07226241.14899.5
2.25-2.375.30.06526531.14499.8
2.37-2.525.40.06126671.16899.9
2.52-2.715.50.05726691.16399.9
2.71-2.995.50.0526871.07399.9
2.99-3.425.50.04426631.03299.3
3.42-4.315.20.0426200.95796.7
4.31-504.80.03825350.86790.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DSC

2dsc


解像度: 2→37.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1666449.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1319 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 26400 98.2 %-
all-26842 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.32 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.12 Å20 Å2-1.61 Å2
2--9.73 Å20 Å2
3----6.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 78 331 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 221 5 %
Rwork0.243 4156 -
all-4377 -
obs--99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramam
X-RAY DIFFRACTION4ampcpr.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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