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- PDB-3bm0: Structure of DNA Octamer G(dUSe)G(5-SedU)ACAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bm0
タイトルStructure of DNA Octamer G(dUSe)G(5-SedU)ACAC
要素5'-D(*GP*(2'-Se-U)P*GP*(5-Se-U)P*AP*CP*AP*C)-3'
キーワードDNA / Selenium modified DNA/RNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jiang, J. / SHeng, J. / Hassan, A.E. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2009
タイトル: Synthesis and crystallographic analysis of 5-Se-thymidine DNAs.
著者: Hassan, A.E. / Sheng, J. / Jiang, J. / Zhang, W. / Huang, Z.
履歴
登録2007年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(2'-Se-U)P*GP*(5-Se-U)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5851
ポリマ－2,5851
非ポリマー00
水50428
1
A: 5'-D(*GP*(2'-Se-U)P*GP*(5-Se-U)P*AP*CP*AP*C)-3'

A: 5'-D(*GP*(2'-Se-U)P*GP*(5-Se-U)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1692
ポリマ－5,1692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area1930 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area2910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.087, 42.087, 23.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(2'-Se-U)P*GP*(5-Se-U)P*AP*CP*AP*C)-3'


分子量: 2584.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% V/V MPD, 40 MM SODIUM CACODYLATE (PH 7.0), 12 MM SPERMINE TETRA-HCL, 80 MM SODIUM CHLORIDE., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2SODIUM CACODYLATE11
3SPERMINE TETRA-HCL11
4NaCl11
5MPD12
6SODIUM CACODYLATE12
7SPERMINE TETRA-HCL12
8NaCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9797, 1.100, 0.9400
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
21.11
30.941
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 2198 / Num. obs: 2087 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 209 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→15.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Data cutoff high absF: 692659.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 98 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.22 ---
obs0.211 1922 88.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.2936 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3---3.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 163 0 28 191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.31
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.076 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 11 4 %
Rwork0.214 261 -
obs--77.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_ums.pardna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5ums.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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