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万見
- PDB-3bkt: Copper-bound C-terminal Domain of NikR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkt
タイトルCopper-bound C-terminal Domain of NikR
要素Nickel-responsive regulator
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NikR / nickel regulatory protein / transcription factor / beta sandwich / DNA-binding / Metal-binding / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription ...negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix ...Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Phillips, C.M. / Schreiter, E.R. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural Basis of the Metal Specificity for Nickel Regulatory Protein NikR.
著者: Phillips, C.M. / Schreiter, E.R. / Guo, Y. / Wang, S.C. / Zamble, D.B. / Drennan, C.L.
履歴
登録2007年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel-responsive regulator
B: Nickel-responsive regulator
C: Nickel-responsive regulator
D: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1548
ポリマ－38,8994
非ポリマー2544
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
手法PISA
2
A: Nickel-responsive regulator
B: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5774
ポリマ－19,4502
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
手法PISA
3
C: Nickel-responsive regulator
D: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5774
ポリマ－19,4502
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.949, 78.442, 81.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Nickel-responsive regulator


分子量: 9724.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nikR / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6Z6
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Na Tartrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 47685 / Num. obs: 46684 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.135 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 4006 / Rsym value: 0.254 / Χ2: 1.313 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XFITデータ削減
精密化開始モデル: The tetramer of nickel-bound c-terminal domain of NikR, 1Q5Y

1q5y


解像度: 1.5→15.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.108 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2360 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.198 46684 --
obs0.198 46629 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 4 171 2793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.8943669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87734060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8785343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75224.286140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.14815419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.066159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.21647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4031.51722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5271.5682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10522681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.80831059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.84.5982
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.66334676
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.8823175
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.06234267
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 138 -
Rwork0.22 2713 -
all-2851 -
obs--82.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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