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- PDB-3bkn: The structure of Mycobacterial bacterioferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkn
タイトルThe structure of Mycobacterial bacterioferritin
要素Bacterioferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / BACTERIOFERRITIN / CYTOCHROM B1 / MYCOBACTERIUM SMEGMATIS / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Janowski, R. / Auerbach-Nevo, T. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Bacterioferritin from Mycobacterium smegmatis contains zinc in its di-nuclear site.
著者: Janowski, R. / Auerbach-Nevo, T. / Weiss, M.S.
履歴
登録2007年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2008年1月22日ID: 3B3H
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,66457
ポリマ－222,01012
非ポリマー6,65345
水73941
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,327114
ポリマ－444,02024
非ポリマー13,30790
水39622
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area85460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.523, 151.520, 116.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-301-

HEM

21K-301-

HEM

31K-301-

HEM

41L-301-

HEM

51L-301-

HEM

61L-301-

HEM

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 155 / Label seq-ID: 1 - 155

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Bacterioferritin


分子量: 18500.834 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QY79

-
非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 10% (v/v) 2-propanol, 14% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.905 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月9日 / 詳細: Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→30 Å / Num. all: 65786 / Num. obs: 65786 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.72→2.76 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3302 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1sof

1sof


解像度: 2.72→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 21.95 / SU ML: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS and NCS used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22828 2649 4 %RANDOM
Rwork0.17947 ---
all0.18144 63129 --
obs0.18144 63129 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0.71 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15564 0 367 41 15972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02216455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7152.07922429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.64651926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.27725.018843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.814152910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.70115120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.22427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.27670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.211152
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1210.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.02829913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.695315474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75227337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.03106928
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A618tight positional0.050.05
2B618tight positional0.050.05
3C618tight positional0.050.05
4D618tight positional0.060.05
5E618tight positional0.050.05
6F618tight positional0.050.05
7G618tight positional0.060.05
8H618tight positional0.050.05
9I618tight positional0.050.05
10J618tight positional0.060.05
11K618tight positional0.050.05
12L618tight positional0.050.05
1A627medium positional0.490.5
2B627medium positional0.470.5
3C627medium positional0.340.5
4D627medium positional0.50.5
5E627medium positional0.370.5
6F627medium positional0.370.5
7G627medium positional0.320.5
8H627medium positional0.320.5
9I627medium positional0.350.5
10J627medium positional0.390.5
11K627medium positional0.390.5
12L627medium positional0.330.5
1A618tight thermal0.130.5
2B618tight thermal0.130.5
3C618tight thermal0.130.5
4D618tight thermal0.120.5
5E618tight thermal0.120.5
6F618tight thermal0.120.5
7G618tight thermal0.130.5
8H618tight thermal0.130.5
9I618tight thermal0.120.5
10J618tight thermal0.120.5
11K618tight thermal0.110.5
12L618tight thermal0.110.5
1A627medium thermal0.922
2B627medium thermal1.032
3C627medium thermal0.962
4D627medium thermal1.032
5E627medium thermal0.912
6F627medium thermal0.832
7G627medium thermal0.982
8H627medium thermal0.922
9I627medium thermal0.882
10J627medium thermal1.082
11K627medium thermal0.932
12L627medium thermal0.922
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.866 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 349 -
Rwork0.243 8839 -
obs--95.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8415-0.9261-0.08012.05560.15260.67930.01720.0206-0.0667-0.17630.10620.0031-0.12030.0122-0.1235-0.1161-0.0029-0.0243-0.1610.0388-0.089611.53832.4771-39.2363
20.9129-0.3857-0.62421.15771.0091.74440.06890.10750.0359-0.1627-0.00690.0692-0.1825-0.1617-0.062-0.08940.0359-0.0124-0.05430.059-0.1423-12.9702-2.8147-41.905
31.00280.10980.70030.67520.38782.5758-0.0292-0.04810.1058-0.067-0.0466-0.0296-0.07210.30470.0758-0.1948-0.0344-0.016-0.05810.0029-0.024743.3668-10.9179-17.4794
40.5093-0.0295-0.25610.69960.07532.6899-0.0088-0.04980.06820.02710.0363-0.0029-0.11610.2144-0.0276-0.1183-0.09550.004-0.1049-0.0234-0.041632.485910.6049-10.8567
50.6376-0.0238-0.03891.20790.52141.1138-0.0475-0.18-0.0393-0.01190.0331-0.19340.06720.30530.0144-0.12030.0641-0.03280.07730.0291-0.092433.4405-31.869934.1989
61.1233-0.7008-0.04851.82080.15320.4749-0.0149-0.1670.01250.13060.0049-0.0245-0.04960.33590.01-0.1564-0.0045-0.02970.11270.0051-0.071144.0377-15.324918.648
72.26170.56030.14630.41910.2210.71240.01810.2631-0.0354-0.0707-0.04-0.06440.1101-0.08330.0218-0.0868-0.0394-0.0132-0.1254-0.0218-0.11510.3913-36.1232-46.8555
81.66730.2008-0.43220.3406-0.15130.9535-0.0030.0703-0.04070.0109-0.0235-0.00420.232-0.0820.02650.0267-0.06410.0535-0.1309-0.0692-0.1148-1.7817-57.7398-34.2745
90.7360.2792-0.26512.107-0.94031.1625-0.14470.0281-0.0696-0.00650.0614-0.14930.15050.07350.0832-0.0660.08320.0167-0.12290.0067-0.088232.2575-49.5629-25.0651
100.62030.2265-0.36021.2784-0.57931.6135-0.1021-0.0533-0.0438-0.0030.048-0.10640.17540.14490.0541-0.14320.14610.01160.00090.0482-0.062343.5695-44.3006-3.3187
112.58710.57450.18710.65640.11380.76230.14410.02990.18980.0203-0.04520.0289-0.2844-0.0806-0.09890.00180.01310.0392-0.15820.0194-0.0648-1.512423.3908-12.4667
120.75810.25320.83830.81370.59272.1672-0.1191-0.0657-0.1460.0636-0.0681-0.01260.46610.01530.18710.08980.04850.1152-0.13840.0032-0.048212.1043-70.538-3.2689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1611 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1611 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1611 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1611 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 1611 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 1611 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 1611 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 1611 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9II1 - 1611 - 161
10X-RAY DIFFRACTION10JJ1 - 1611 - 161
11X-RAY DIFFRACTION11KK1 - 1611 - 161
12X-RAY DIFFRACTION12LL1 - 1611 - 161

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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