ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | SOLVE | | 位相決定 | CNS | 1.2 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→34.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1053233.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: FLAT BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.251 | 1436 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.207 | - | - | - |
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obs | 0.207 | 14168 | 99.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.5994 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 5.93 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 5.93 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -11.86 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.4 Å | 0.31 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.45 Å | 0.33 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.98 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2095 | 0 | 6 | 62 | 2163 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.73 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.338 | 254 | 10.8 % |
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Rwork | 0.284 | 2098 | - |
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obs | - | - | 99.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.top | | | | | |
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