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- PDB-3bk6: Crystal structure of a core domain of stomatin from Pyrococcus ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bk6
タイトルCrystal structure of a core domain of stomatin from Pyrococcus horikoshii
要素PH stomatin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / stomatin / archaea / Pyrococcus horikoshii / trimer / coiled-coil / flotillin / SPFH / membrane fusion / trafficking / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2090 / Band 7 domain / Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2090 / Band 7 domain / Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stomatin homolog PH1511
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Fujii, S. / Matsui, I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a core domain of stomatin from Pyrococcus horikoshii Illustrates a novel trimeric and coiled-coil fold
著者: Yokoyama, H. / Fujii, S. / Matsui, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular structure of a novel membrane protease specific for a stomatin homolog from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii
著者: Yokoyama, H. / Matsui, E. / Akiba, T. / Harata, K. / Matsui, I.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PH stomatin
B: PH stomatin
C: PH stomatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8923
ポリマ－63,8923
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.553, 137.150, 58.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PH stomatin / P-STOMATIN PH1511


分子量: 21297.398 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 56-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1511 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59180

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% MPD, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES-NaOH, 6% 1,5-diaminopentane-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9791, 0.9796, 0.9900, 1.0000
検出器タイプ: ADSC QUAMTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月24日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97961
30.991
411
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 17735 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 114.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 18.023 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.343 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26234 1792 10.2 %RANDOM
Rwork0.19774 ---
obs0.20446 15824 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.114 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3732 0 0 0 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1761.975105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7325469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.5124.514175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.54715728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7561538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.21735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.22551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.83622455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.88933865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.39321468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.17331240
LS精密化 シェル解像度: 3.201→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 117 -
Rwork0.294 1120 -
obs--96.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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