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- PDB-3bjy: Catalytic core of Rev1 in complex with DNA (modified template gua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bjy
タイトルCatalytic core of Rev1 in complex with DNA (modified template guanine) and incoming nucleotide
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*(DOC))-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*(P)P*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DT)-3')
  • DNA repair protein REV1
キーワードTransferase/DNA / DNA Polymerase / Protein-DNA complex / adduct / bypass / DNA damage / DNA repair / DNA synthesis / DNA-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Transferase / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1490 / DNA repair protein Rev1 / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / BRCT domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1490 / DNA repair protein Rev1 / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / BRCT domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Protein-template-directed synthesis across an acrolein-derived DNA adduct by yeast Rev1 DNA polymerase
著者: Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein REV1
T: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*(P)P*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DT)-3')
P: DNA (5'-D(*DAP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5786
ポリマ－58,0633
非ポリマー5163
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.062, 199.578, 55.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA repair protein REV1


分子量: 49452.965 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: REV1 / プラスミド: pBJ954 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5464
参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DAP*DAP*(P)P*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DT)-3')


分子量: 5107.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*(DOC))-3')


分子量: 3502.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 161分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonoium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG11
2Ammonoium sulfate11
3HOH11
4PEG12
5Ammonoium sulfate12
6HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→50 Å / Num. obs: 38556 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQ4

2aq4


解像度: 2.41→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3862 -random
Rwork0.231 ---
obs-38556 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 572 30 158 4130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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