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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bjy | |||||||||
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タイトル | Catalytic core of Rev1 in complex with DNA (modified template guanine) and incoming nucleotide | |||||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/DNA / DNA Polymerase / Protein-DNA complex / adduct / bypass / DNA damage / DNA repair / DNA synthesis / DNA-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Transferase / Transferase-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: Protein-template-directed synthesis across an acrolein-derived DNA adduct by yeast Rev1 DNA polymerase 著者: Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bjy.cif.gz | 120.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bjy.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bjy_validation.pdf.gz | 844.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bjy_full_validation.pdf.gz | 857.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bjy_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bjy_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2aq4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49452.965 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: REV1 / プラスミド: pBJ954 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5464 参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 5107.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3502.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 161分子
#4: 化合物 | ChemComp-DCP / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonoium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.41→50 Å / Num. obs: 38556 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 32.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AQ4 解像度: 2.41→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.41→50 Å
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