PDB-3bjk: Crystal structure of HI0827, a hexameric broad specificity acyl-c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bjk

タイトル

Crystal structure of HI0827, a hexameric broad specificity acyl-coenzyme A thioesterase: The Asp44Ala mutant enzyme

要素

Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

キーワード

HYDROLASE / hotdog fold / Trimer of dimers / HI0827 / YciA / Structural Genomics / Structure 2 Function Project / S2F

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Willis, M.A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of YciA from Haemophilus influenzae (HI0827), a Hexameric Broad Specificity Acyl-Coenzyme A Thioesterase.
著者: Willis, M.A. / Zhuang, Z. / Song, F. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.

履歴

登録	2007年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bjk.cif.gz	181.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bjk.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bjk_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bjk_full_validation.pdf.gz	482.1 KB	表示
XML形式データ	3bjk_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	3bjk_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yliS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4moc-1 3b7k-d 2v7u-d 3vtz-d 2v7w-d 2v7v-d 1wu8-d 2cbx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HI0827

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

B: Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

C: Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

D: Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

E: Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

F: Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827

ヘテロ分子

102 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.487, 63.108, 104.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acyl-CoA thioester hydrolase HI0827 分子量: 16607.209 Da / 分子数: 6 / 変異: D44A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 生物種: Haemophilus influenzae / 株: KW20 / Rd / DSM 11121 / 遺伝子: HI0827 / プラスミド: pET23b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P44886, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Reservoir: 30% Saturated sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5, 5% Ethylene glycol. Protein solution: 16 mg/mL protein in 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM KCl. Hanging drops: 1:1 reservoir and ...詳細: Reservoir: 30% Saturated sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5, 5% Ethylene glycol. Protein solution: 16 mg/mL protein in 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM KCl. Hanging drops: 1:1 reservoir and protein solutions. Cryoprotection: increasing ethylene glycol concentration to 18% under perfluoropolyether oil coat, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir: 30% Saturated sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5, 5% Ethylene glycol. Protein solution: 16 mg/mL protein in 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM KCl. Hanging drops: 1:1 reservoir and ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月12日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 79693 / Num. obs: 79693 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YLI

1yli

解像度: 1.9→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 6.237 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	6353	8.1 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.172	78077	-	-
obs	0.172	78077	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.365 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	-0.57 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6366	0	139	463	6968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.972	8801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.839	3	14572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.183	5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.139	24.274	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.746	15	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.755	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	6375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.242	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.106	1.5	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.54	2	6695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.424	3	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.697	4.5	2106

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	443	-
R_work	0.22	5138	-
all	-	5581	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2292	1.3429	-0.5482	4.8148	-2.1368	1.6467	0.0884	-0.2985	0.0368	0.1872	-0.0978	0.0702	-0.0792	-0.0817	0.0094	-0.1872	0.0045	0.0084	-0.1771	-0.0251	-0.1871	-0.445	3.338	47.52
2	2.4583	-1.4509	-0.9586	4.404	0.6508	2.5053	0.1671	0.312	0.0558	-0.2036	-0.1899	0.317	-0.2683	-0.4129	0.0228	-0.1391	0.0177	-0.0136	-0.0919	-0.0002	-0.1638	-11.57	8.687	27.705
3	2.7056	-1.5428	1.2232	4.3447	-0.6155	2.9393	0.1716	0.4263	0.0568	-0.264	-0.1479	-0.3268	0.2284	0.4179	-0.0236	-0.1488	0.0168	0.0207	-0.1174	0.0234	-0.1223	32.371	1.103	27.535
4	2.1508	1.423	0.8069	4.0952	2.3051	1.8785	0.1189	-0.1609	-0.0185	0.1195	-0.1316	-0.0713	0.1018	-0.0372	0.0127	-0.1787	0.0084	-0.0312	-0.2511	0.033	-0.1659	21.229	5.077	47.569
5	1.5717	0.9891	0.1968	4.7169	2.3601	2.5598	0.0484	0.4204	0.0724	-0.185	-0.1753	0.1586	-0.1168	-0.2378	0.1269	-0.1071	0.0501	-0.0162	-0.0031	0.0212	-0.2211	-0.912	4.731	9.256
6	2.4047	0.9808	0.8092	3.4508	-1.0306	4.2394	-0.1095	0.536	0.0312	-0.2797	-0.0626	-0.2042	-0.1177	0.4516	0.1721	-0.1033	0.0294	0.0232	0.0376	0.0214	-0.1516	20.524	4.39	10.467
7	25.0918	1.4056	-26.9396	40.9176	-18.7626	67.2149	0.3073	0.3378	0.1057	-0.5044	-1.16	-1.8337	-1.044	1.2096	0.8527	0.3305	-0.0392	-0.0997	0.1427	0.0351	0.1912	26.661	26.784	4.397
8	19.3051	8.2023	-6.3861	9.1011	7.9624	40.7313	0.4244	0.8084	0.5351	-0.0201	0.0673	-2.8617	0.1025	0.918	-0.4917	0.258	-0.0566	0.1007	0.3467	0.1645	0.2854	33.262	15.539	0.559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	13 - 152	12 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	10 - 151	9 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	10 - 152	9 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	14 - 152	13 - 151
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	13 - 152	12 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	11 - 129	10 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	F	131 - 136	130 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	F	139 - 152	138 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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