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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bgy | ||||||
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タイトル | Triclinic structure of Mimivirus Capping Enzyme Triphosphatase at 1.65 A | ||||||
![]() | Polynucleotide 5'-triphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / VIRAL PROTEIN / RNA capping / Tunnel Triphsophatase / Metalloenzyme / Beta Barrel / mRNA capping / mRNA processing / Multifunctional enzyme / Nucleotidyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / Transferase / Virion | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / GTP binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, P. / Bennaroch, D. / Shuman, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Triclinic structure of Mimivirus Capping Enzyme Triphosphatase at 1.65 A 著者: Benarroch, D. / Smith, P. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27560.297 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-237 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Mimivirus / 遺伝子: YP_142736 / プラスミド: Pet28a-smt3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月27日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111, small gap ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 51783 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 57.88 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.048 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 2896 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 66.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.3456 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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