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- PDB-3bg3: Crystal Structure of Human Pyruvate Carboxylase (missing the biot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bg3
タイトルCrystal Structure of Human Pyruvate Carboxylase (missing the biotin carboxylase domain at the N-terminus)
要素Pyruvate carboxylase, mitochondrial
キーワードLIGASE / TIM barrel / ATP-binding / Biotin / Disease mutation / Gluconeogenesis / Lipid synthesis / Manganese / Mitochondrion / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP metabolic process / Pyruvate metabolism / positive regulation by host of viral process / Gluconeogenesis / NADH metabolic process ...pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP metabolic process / Pyruvate metabolism / positive regulation by host of viral process / Gluconeogenesis / NADH metabolic process / pyruvate metabolic process / biotin binding / viral release from host cell / gluconeogenesis / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / negative regulation of gene expression / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site ...pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Cyclin A; domain 1 / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Homeodomain-like / Aldolase class I / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BTI / : / PYRUVIC ACID / Pyruvate carboxylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xiang, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of human and Staphylococcus aureus pyruvate carboxylase and molecular insights into the carboxyltransfer reaction.
著者: Xiang, S. / Tong, L.
履歴
登録2007年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
B: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
C: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
D: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,15813
ポリマ－315,3574
非ポリマー8009
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12070 Å2
手法PISA
2
A: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
D: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1937
ポリマ－157,6792
非ポリマー5145
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
手法PISA
3
B: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
C: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,9656
ポリマ－157,6792
非ポリマー2864
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.274, 173.321, 118.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22D
13A
23D
33A
43D

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAASPASPAA520 - 86060 - 400
211ALAALAASPASPBB520 - 86060 - 400
311ALAALAASPASPCC520 - 86060 - 400
411ALAALAASPASPDD520 - 86060 - 400
112LYSLYSGLUGLUAA1103 - 1178643 - 718
212LYSLYSGLUGLUDD1103 - 1178643 - 718
113GLNGLNLYSLYSAA494 - 51934 - 59
213GLNGLNLYSLYSDD494 - 51934 - 59
323VALVALGLUGLUAA861 - 1097401 - 637
423VALVALGLUGLUDD861 - 1097401 - 637

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate carboxylase, mitochondrial / Pyruvic carboxylase / PCB


分子量: 78839.312 Da / 分子数: 4 / 断片: CT+PT+BCCP Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: P11498, pyruvate carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 90 mM MnCl2, 0.8%(v/v)PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 76525 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / % possible all: 67.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 40.363 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27129 3915 5.2 %RANDOM
Rwork0.21567 ---
obs0.21852 71717 94.68 %-
all-71717 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.52 Å20 Å2-5.79 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19770 0 43 0 19813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02220255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.9627466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94952562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41523.977880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.909153370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8115130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.23047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.29634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.213681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3751.513100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.661220594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72537906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1824.56872
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2602loose positional0.495
12B2602loose positional0.485
13C2602loose positional0.55
14D2602loose positional0.465
21A559loose positional0.875
31A2062loose positional0.665
11A2602loose thermal1.310
12B2602loose thermal1.5110
13C2602loose thermal1.610
14D2602loose thermal1.3510
21A559loose thermal0.810
31A2062loose thermal1.8710
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 228 -
Rwork0.307 3693 -
obs--67.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29690.25210.26222.63670.57042.22790.0092-0.3770.31160.0883-0.07750.5404-0.0772-0.55470.0683-0.4066-0.0349-0.063-0.11270.0032-0.1365-17.4815-74.0557-52.2826
22.69521.02450.05273.16810.81942.7440.1212-0.1684-0.06130.3328-0.16820.34770.2664-0.45880.047-0.0932-0.05790.0229-0.21220.0534-0.341123.7925-55.248417.7594
32.6820.93441.49111.39490.14032.9854-0.27340.7020.3539-0.34560.23-0.1694-0.36010.52290.0434-0.1418-0.1833-0.0213-0.14960.1521-0.032438.9685-29.161-9.804
41.9583-0.13590.19310.95730.13034.3512-0.0194-0.162-0.1113-0.07080.1593-0.29690.59830.7275-0.1399-0.11480.17680.0631-0.2718-0.0611-0.28716.0026-97.2982-53.292
550.84170.1383-1.466112.52710.851317.1283-0.1745-0.8198-0.4104-0.4742-0.05480.27040.5666-1.32650.22940.3791-0.1564-0.08280.3983-0.04670.2699-9.6246-56.067410.1344
621.1252-8.7726-1.573427.9499-0.26579.9622-0.6509-0.27280.85961.36790.88970.1537-0.17780.0401-0.23880.4121-0.05740.17580.518-0.17540.307449.2825-63.8438-23.7063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA494 - 109734 - 637
2X-RAY DIFFRACTION2BB494 - 109734 - 637
3X-RAY DIFFRACTION3CC494 - 109734 - 637
4X-RAY DIFFRACTION4DD494 - 109734 - 637
5X-RAY DIFFRACTION5AA1103 - 1178643 - 718
6X-RAY DIFFRACTION6DD1103 - 1178643 - 718

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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