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- PDB-3bf1: Type III pantothenate kinase from Thermotoga maritima complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bf1
タイトルType III pantothenate kinase from Thermotoga maritima complexed with pantothenate and ADP
要素Type III pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / actin-like fold / ATP-binding / Coenzyme A biosynthesis / Cytoplasm / Kinase / Metal-binding / Nucleotide-binding / Potassium
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III pantothenate kinase / Type III pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PANTOTHENOIC ACID / Type III pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, K. / Huerta, C. / Strauss, E. / Zhang, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural basis for substrate binding and the catalytic mechanism of type III pantothenate kinase.
著者: Yang, K. / Strauss, E. / Huerta, C. / Zhang, H.
履歴
登録2007年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III pantothenate kinase
B: Type III pantothenate kinase
C: Type III pantothenate kinase
D: Type III pantothenate kinase
E: Type III pantothenate kinase
F: Type III pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,06318
ポリマ－165,1846
非ポリマー3,87912
水11,674648
1
A: Type III pantothenate kinase
B: Type III pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3546
ポリマ－55,0612
非ポリマー1,2934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
手法PISA
2
C: Type III pantothenate kinase
D: Type III pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3546
ポリマ－55,0612
非ポリマー1,2934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
手法PISA
3
E: Type III pantothenate kinase
F: Type III pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3546
ポリマ－55,0612
非ポリマー1,2934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.962, 136.685, 75.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: -2 - 245 / Label seq-ID: 1 - 248

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
Type III pantothenate kinase / Pantothenic acid kinase / PanK-III


分子量: 27530.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: coaX / プラスミド: pPro-EX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL20(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZY5, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 58933 / % possible obs: 98.9 % / Rsym value: 0.066

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 7.424 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25696 3156 5.1 %RANDOM
Rwork0.19027 ---
obs0.19363 58933 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20.19 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11574 0 252 648 12474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02212084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.97616392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39851482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40424.096498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.339152034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0461554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.21854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.25576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.28196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.57573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.853211934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14135138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9734.54458
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1929 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.420.5
2Bmedium positional0.430.5
3Cmedium positional0.370.5
4Dmedium positional0.450.5
5Emedium positional0.540.5
6Fmedium positional0.460.5
1Amedium thermal0.342
2Bmedium thermal0.472
3Cmedium thermal0.392
4Dmedium thermal0.332
5Emedium thermal0.382
6Fmedium thermal0.492
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 216 -
Rwork0.208 4164 -
obs--94.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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