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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3be5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FitE (crystal form 1), a group III periplasmic siderophore binding protein | ||||||
![]() | Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Open form / closed form / group III periplasmic binding protein / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI | ||||||
機能・相同性 | ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / outer membrane-bounded periplasmic space / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ferrichrome-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trapping open and closed forms of FitE-A group III periplasmic binding protein. 著者: Shi, R. / Proteau, A. / Wagner, J. / Cui, Q. / Purisima, E.O. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | AUTHORS STATE THAT THIS IS A MUTATION (A259T) BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAPS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 239.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32662.539 Da / 分子数: 4 断片: FitE without N-terminal signal sequence: Residues 19-315 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: O157:H7 EDL933, EHEC / 遺伝子: fite, ECs3913, Z4382 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 22% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日 詳細: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagitally bent second mono crystal |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 60135 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 4025 / Rsym value: 0.183 / % possible all: 59.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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