PDB-3bcy: Crystal structure of YER067W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bcy

タイトル

Crystal structure of YER067W

要素

Protein YER067W

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / mixed alpha-helix/beta-sheet fold

機能・相同性

機能・相同性情報

energy reserve metabolic process / cell periphery / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural and functional study of YER067W, a new protein involved in yeast metabolism control and drug resistance.
著者: Domitrovic, T. / Kozlov, G. / Freire, J.C. / Masuda, C.A. / da Silva Almeida, M. / Montero-Lomeli, M. / Atella, G.C. / Matta-Camacho, E. / Gehring, K. / Kurtenbach, E.

履歴

登録	2007年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bcy.cif.gz	47 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bcy.ent.gz	32.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/3bcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/3bcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1c6g-d 1l34-d 1c62-d 1c69-d 256l-d 1c6h-d 1l0j-d 2ggz-1 2jht-2 1p36-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein YER067W

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.194, 41.194, 184.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein YER067W 分子量: 18265.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40043
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 13% PEG6000, 0.2M ammonium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F2 / 波長: 0.9642, 0.9790, 0.9794

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月3日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9642	1
2	0.979	1
3	0.9794	1

反射

解像度: 1.61→50 Å / Num. all: 21987 / Num. obs: 20312 / % possible obs: 92.38 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 73.4

反射シェル

解像度: 1.61→1.68 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / Num. unique all: 1560 / % possible all: 58.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

解像度: 1.7→19.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 3.979 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	920	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
all	0.198	18500	-	-
obs	0.198	18410	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1221	0	0	155	1376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.921	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.345	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.74	25	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.154	15	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.249	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.971	1.5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.333	2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.545	3	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.682	4.5	509

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	53	-
R_work	0.258	1235	-
all	-	1288	-
obs	-	1235	97.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1792	-0.3451	0.0078	2.7581	-1.4148	2.4528	-0.038	-0.1127	0.011	0.1639	-0.0316	-0.0875	-0.1045	0.0907	0.0696	0.0439	-0.0052	0.0012	0.0165	-0.0255	0.022	6.1406	28.7461	17.5625
2	2.1879	-0.5118	-0.7503	1.2309	-0.259	1.4221	-0.025	-0.0547	-0.009	0.0377	0.0315	0.037	0.0648	0.0056	-0.0066	0.025	-0.0017	0.0022	0.0028	-0.0064	0.0287	7.1323	5.5711	19.7949
3	0.5323	-0.2172	0.1676	1.0741	-0.3351	0.8783	0.0119	0.0389	0.0201	0.0082	-0.0142	0.0603	-0.0562	-0.0222	0.0023	0.0179	0.0073	0.0009	0.0149	0.0007	0.0227	8.1808	21.1807	7.4742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	16 - 47	10 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	48 - 84	42 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	85 - 155	79 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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