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- PDB-3bcf: Alpha-amylase B from Halothermothrix orenii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bcf
タイトルAlpha-amylase B from Halothermothrix orenii
要素Alpha amylase, catalytic region
キーワードHYDROLASE / alpha-amylase / thermostable / halophilic / N domain / raw starch binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase / glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha amylase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Halothermothrix orenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tan, T.-C. / Mijts, B.N. / Swaminathan, K. / Patel, B.K.C. / Divne, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Polyextremophilic alpha-Amylase AmyB from Halothermothrix orenii: Details of a Productive Enzyme-Substrate Complex and an N Domain with a Role in Binding Raw Starch
著者: Tan, T.-C. / Mijts, B.N. / Swaminathan, K. / Patel, B.K.C. / Divne, C.
履歴
登録2007年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha amylase, catalytic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7646
ポリマ－68,5811
非ポリマー1835
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.620, 77.820, 50.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alpha amylase, catalytic region / AmyB


分子量: 68580.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothermothrix orenii (バクテリア)
株: H 168 / 遺伝子: amyb / プラスミド: pET-19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2ADF2, UniProt: B8CZ54*PLUS, alpha-amylase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% (w/v) monomethylether PEG 5000, 0.1M Mes-OH, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 58453 / Num. obs: 51305 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5891 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VJS

1vjs


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.865 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22869 1902 5.1 %RANDOM
Rwork0.19076 ---
all0.1927 35637 --
obs0.1927 35637 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20.11 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4747 0 5 256 5008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224903
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.9236645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00837674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9325584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50225.055273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66715750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.23440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.22375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22468
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0661.52917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2681.51197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.824662
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.71432109
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.994.51983
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 133 -
Rwork0.246 2692 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4071.4004-0.8491.9069-0.79091.17050.246-0.55330.32380.3976-0.2411-0.0655-0.26310.0953-0.00490.04-0.1036-0.002-0.1269-0.1123-0.032638.05496.207322.1713
22.39360.8993-0.62520.6408-0.18191.0869-0.0492-0.0250.0683-0.03940.0426-0.17120.1263-0.31080.0066-0.0372-0.0195-0.0108-0.1424-0.0306-0.025934.3093-3.37129.4233
32.61910.06260.22462.2231-0.99333.825-0.21740.0102-0.4588-0.10270.1728-0.00820.9784-0.98420.04460.0093-0.27040.03860.069-0.0118-0.150615.1878-19.77915.0958
44.429-1.685-0.31523.95520.22133.77450.0064-0.45430.0864-0.0489-0.07140.2259-0.3024-0.37580.0649-0.2241-0.0737-0.030.266-0.0544-0.27890.7503-2.785134.5544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A111 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2A333 - 503
3X-RAY DIFFRACTION3A504 - 599
4X-RAY DIFFRACTION4A15 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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