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万見
- PDB-3bc9: Alpha-amylase B in complex with acarbose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bc9
タイトルAlpha-amylase B in complex with acarbose
要素Alpha amylase, catalytic region
キーワードHYDROLASE / alpha-amylase / acarbose / thermostable / halophilic / N domain / raw starch binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase / glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / Chem-ACI / alpha-D-glucopyranose / Alpha amylase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Halothermothrix orenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Tan, T.-C. / Mijts, B.N. / Swaminathan, K. / Patel, B.K.C. / Divne, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Polyextremophilic alpha-Amylase AmyB from Halothermothrix orenii: Details of a Productive Enzyme-Substrate Complex and an N Domain with a Role in Binding Raw Starch
著者: Tan, T.-C. / Mijts, B.N. / Swaminathan, K. / Patel, B.K.C. / Divne, C.
履歴
登録2007年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_PDB_caveat / diffrn_source
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha amylase, catalytic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,23014
ポリマ－68,5811
非ポリマー2,64913
水10,341574
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)227.850, 77.240, 50.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha amylase, catalytic region / amyb


分子量: 68580.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothermothrix orenii (バクテリア)
株: H 168 / 遺伝子: amyb / プラスミド: pET-19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2ADF2, UniProt: B8CZ54*PLUS, alpha-amylase

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糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DQuipa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4,6-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 310.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a21d2m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-4,6-deoxy-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 4,6-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 472.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a21d2m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-4,6-deoxy-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 581分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-ACI / 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL / バリエナミン


分子量: 175.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H13NO4 / コメント: 抗生剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M Mes-OH, 20% (w/v) PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月27日 / 詳細: toroid mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator, water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 188142 / Num. obs: 188142 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 19198 / Rsym value: 0.795 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.787 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17814 1877 1 %RANDOM
Rwork0.15114 ---
all0.1514 185716 --
obs0.1514 185716 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.06 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4747 0 170 574 5491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0225146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9411.9747048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1153.0037993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1215603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13625.018277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35815764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.361521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.23635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1010.22696
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1010.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0880.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0511.52955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8741.51217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96324772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.37932308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0464.52276
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.20539104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.7885579
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.16958321
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 150 -
Rwork0.31 13370 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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