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- PDB-3bb7: Structure of Prevotella intermedia prointerpain A fragment 39-359... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bb7
タイトルStructure of Prevotella intermedia prointerpain A fragment 39-359 (mutant C154A)
要素interpain A
キーワードHYDROLASE / cysteine protease / zymogen activation / bacterial odontopathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
MBG domain, YGX type / MBG domain (YGX type) / Peptidase C10 family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) ...MBG domain, YGX type / MBG domain (YGX type) / Peptidase C10 family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Prevotella intermedia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mallorqui-Fernandez, N. / Manandhar, S.P. / Mallorqui-Fernandez, G. / Uson, I. / Wawrzonek, K. / Kantyka, T. / Sola, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A New Autocatalytic Activation Mechanism for Cysteine Proteases Revealed by Prevotella intermedia Interpain A
著者: Mallorqui-Fernandez, N. / Manandhar, S.P. / Mallorqui-Fernandez, G. / Uson, I. / Wawrzonek, K. / Kantyka, T. / Sola, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: interpain A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0631
ポリマ－35,0631
非ポリマー00
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.870, 38.810, 78.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 interpain A


分子量: 35062.934 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 84-403 / 変異: C154A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella intermedia (バクテリア)
遺伝子: PIN0048 / プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A9J7N5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% polyethylene glycol 3000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M sodium cacodylate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.07 Å / Num. all: 49377 / Num. obs: 49377 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DKI

1dki


解像度: 1.5→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.412 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS GROUP 1 CORRESPONDS TO CHAIN A MAIN CHAIN ATOMS; TLS GROUP 2 CORRESPONDS TO CHAIN A SIDE CHAIN ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19338 747 1.5 %RANDOM
Rwork0.15502 ---
all0.1556 48630 --
obs0.1556 48630 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.895 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20.22 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2428 0 0 370 2798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9363428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2665312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01724.914116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15915387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.445157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.361.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98622504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.80331086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8774.5924
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.5732673
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.92632452
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 40 -
Rwork0.167 3375 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4828-0.04590.09710.2159-0.00060.33190.016-0.0575-0.02010.02710.0140.00310.00820.0002-0.03-0.0105-0.0016-0.0014-0.05190.0114-0.0473-10.027-1.9516.136
20.5958-0.010.1530.24530.02010.38580.0095-0.0598-0.02550.03320.01430.00520.01050.01-0.0239-0.0008-0.00190.0003-0.0360.0107-0.0371-9.737-1.94416.27
30.73520.01090.19950.21750.07160.58220.0268-0.0257-0.00550.040.00330.0034-0.00340.0018-0.03010.03920.00150.003-0.0060.01280.0177-12.004-2.3513.824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA39 - 2941 - 256
2X-RAY DIFFRACTION1AA302 - 359264 - 321
3X-RAY DIFFRACTION2AA39 - 2941 - 256
4X-RAY DIFFRACTION2AA302 - 359264 - 321
5X-RAY DIFFRACTION3AB501 - 8701 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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