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- PDB-3bb4: Crystal structure of Toc33 from Arabidopsis thaliana in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bb4
タイトルCrystal structure of Toc33 from Arabidopsis thaliana in complex with Mg2+ and GMPPNP
要素T7I23.11 protein
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold / GTPase domain / chloroplast import
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to chloroplast / chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / chloroplast envelope / chloroplast / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity ...protein targeting to chloroplast / chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / chloroplast envelope / chloroplast / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chloroplast protein import component Toc34 / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Translocase of chloroplast 33, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Koenig, P. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: The GTPase cycle of the chloroplast import receptors Toc33/Toc34: implications from monomeric and dimeric structures.
著者: Koenig, P. / Oreb, M. / Hofle, A. / Kaltofen, S. / Rippe, K. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T7I23.11 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8043
ポリマ－29,2581
非ポリマー5472
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.567, 121.567, 42.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 T7I23.11 protein / At1g02280 / At1g02280/T7I23.11 / AtToc33 protein


分子量: 29257.521 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-251 / 変異: S181E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: T7I23.11 / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O23680
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 22% PEG1500, 15% glycerol, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9746 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9746 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→25 Å / Num. all: 7834 / Num. obs: 7827 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 69.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.39
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 748 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
DNAデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H65

1h65


解像度: 2.85→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 33.329 / SU ML: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27663 366 4.7 %RANDOM
Rwork0.21802 ---
obs0.22082 7461 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.58 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.398 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 33 27 1945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0731.9892654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.35933230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6265238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20224.69983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.69815354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.1221511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1930.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1441.51539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0891.5487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32521930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9163886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9614.5722
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.848→2.921 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 19 -
Rwork0.315 474 -
obs--86.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6704-0.76730.70593.1954-0.3721.4361-0.079-0.00260.14020.03770.09690.0622-0.1674-0.1274-0.018-0.11730.06230.0217-0.0923-0.0082-0.158447.657319.98165.615
272.1643-10.81426.9813.681-1.83735.8315-1.2005-2.1073-0.22281.18140.71180.3702-0.7458-1.02520.48870.010.11580.12140.01310.0235-0.195945.697716.052217.9229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 2507 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2AC2641

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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