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万見
- PDB-3bap: Crystal Structure of the 25 kDa Subunit of Human Cleavage Factor Im -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bap
タイトルCrystal Structure of the 25 kDa Subunit of Human Cleavage Factor Im
要素Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CPSF5 / RNA processing / cleavage factor / mRNA processing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pro-B cell differentiation / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing ...positive regulation of pro-B cell differentiation / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / paraspeckles / RNA Polymerase II Transcription Termination / post-transcriptional regulation of gene expression / protein heterotetramerization / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / protein tetramerization / centriolar satellite / histone deacetylase binding / mRNA processing / cell differentiation / nuclear body / mRNA binding / centrosome / chromatin binding / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage/polyadenylation specificity factor subunit 5 / Nucleotide hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Coseno, M. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the 25 kDa subunit of human cleavage factor Im.
著者: Coseno, M. / Martin, G. / Berger, C. / Gilmartin, G. / Keller, W. / Doublie, S.
履歴
登録2007年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5392
ポリマ－26,4471
非ポリマー921
水3,027168
1
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子

A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0784
ポリマ－52,8942
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area2800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.115, 80.115, 72.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 25 kDa subunit / CPSF 25 kDa subunit / Pre-mRNA ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 25 kDa subunit / CPSF 25 kDa subunit / Pre-mRNA cleavage factor Im 25 kDa subunit / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 21 / Nudix motif 21


分子量: 26446.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT21, CFIM25, CPSF25, CPSF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: O43809
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97923, 0.97939, 0.97166
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DCM - PAIR OF FLAT SI CRYSTALS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979231
20.979391
30.971661
Reflection冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 14.2 / 数: 148933 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.85 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 22468 / % possible obs: 96.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.983097.810.0461.0736.6
3.163.9899.410.0631.0326.9
2.763.1699.410.0891.0717
2.512.7699.610.1161.0596.9
2.332.5199.910.1581.0157
2.192.3310010.2221.0166.9
2.082.1999.510.2831.0476.8
1.992.0897.510.351.066.4
1.921.999110.4491.0616.4
1.851.9280.610.5771.0635.2
反射解像度: 1.82→30 Å / Num. all: 23255 / Num. obs: 22805 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.752 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.09
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0517 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.85→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2265 9.7 %
Rwork0.226 --
obs0.226 22805 98.1 %
溶媒の処理Bsol: 38.14 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.913 Å2-1.67 Å20 Å2
2--2.913 Å20 Å2
3----5.826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 6 168 1817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.339
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3682.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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