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- PDB-3b94: Crystal structure of human GITRL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b94
タイトルCrystal structure of human GITRL
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
キーワードCYTOKINE / symmetric trimer / asymmetric trimer / tetramer of trimers / P63 spacegroup / Glycoprotein / Membrane / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dendritic cell chemotaxis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of T cell proliferation / T cell proliferation involved in immune response ...regulation of dendritic cell chemotaxis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of T cell proliferation / T cell proliferation involved in immune response / regulation of protein-containing complex assembly / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cell-cell signaling / adaptive immune response / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Song, X.M. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of human GITRL
著者: Song, X.M. / Zhou, Z.C. / Greene, M.I.
履歴
登録2007年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7324
ポリマ－59,7324
非ポリマー00
水52229
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7993
ポリマ－44,7993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
手法PISA
2
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7993
ポリマ－44,7993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area2800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.943, 141.943, 47.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Activation-inducible TNF-related ligand / AITRL / Glucocorticoid-induced TNF-related ligand / hGITRL


分子量: 14933.038 Da / 分子数: 4 / 断片: TNF domain residues 72-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF18, AITRL, GITRL, TL6, UNQ149/PRO175 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UNG2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 17408 / Num. obs: 17286 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 97
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1884 / Rsym value: 0.608 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: humane GITRL from C2 spacegroup

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 20.121 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.504 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2761 1067 5.8 %RANDOM
Rwork0.21747 ---
obs0.22099 17286 95.75 %-
all-17408 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3264 0 0 29 3293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0223348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9641.9514563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3635414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10625.606132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.10815516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.208154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2340.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3050.21650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3480.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3340.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6551.52198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60323389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83731399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5374.51174
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 73 -
Rwork0.301 1151 -
obs--88.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08421.1833-0.56872.42280.04283.2415-0.0154-0.04120.40310.0925-0.01350.1854-0.3326-0.21110.0290.0070.0168-0.0483-0.07730.02210.130525.0179-26.7104-2.95
21.72480.4142-0.03771.2887-0.53971.3729-0.007-0.11140.0743-0.0533-0.0142-0.01370.0347-0.13310.0213-0.0309-0.0225-0.01410.0164-0.03270.017136.018-46.30155.7018
32.29090.53480.43860.5186-0.01551.33850.0943-0.00420.0435-0.0243-0.01060.1002-0.026-0.0034-0.0838-0.0005-0.036-0.02430.0070.00380.024521.2227-48.3274-10.2725
41.2069-0.09650.01132.25550.33151.37230.0229-0.0908-0.03740.1701-0.08740.0776-0.0795-0.05220.0645-0.0086-0.0116-0.016-0.0147-0.00290.036958.8226-33.944518.9174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA56 - 17512 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2BB57 - 17513 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3CC57 - 17613 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4DD56 - 17512 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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