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万見
- PDB-3b8i: Crystal Structure of Oxaloacetate Decarboxylase from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b8i
タイトルCrystal Structure of Oxaloacetate Decarboxylase from Pseudomonas Aeruginosa (PA4872) in complex with oxalate and Mg2+.
要素PA4872 oxaloacetate decarboxylase
キーワードLYASE / alpha/beta barrel / HELIX SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxaloacetate decarboxylase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / pyruvate biosynthetic process / oxaloacetate decarboxylase activity / oxaloacetate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Oxaloacetate decarboxylase, bacterial / Phosphoenolpyruvate phosphomutase / ICL/PEPM domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALATE ION / Oxaloacetate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Narayanan, B.C. / Herzberg, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure and function of PA4872 from Pseudomonas aeruginosa, a novel class of oxaloacetate decarboxylase from the PEP mutase/isocitrate lyase superfamily.
著者: Narayanan, B.C. / Niu, W. / Han, Y. / Zou, J. / Mariano, P.S. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2007年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
B: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
C: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
D: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
E: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
F: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,56426
ポリマ－188,1536
非ポリマー1,41120
水33,4901859
1
A: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
B: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
C: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
D: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,34517
ポリマ－125,4354
非ポリマー91013
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18020 Å2
手法PISA
2
E: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
F: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
ヘテロ分子

E: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
F: PA4872 oxaloacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,43718
ポリマ－125,4354
非ポリマー1,00214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)260.065, 83.835, 104.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Biological assembly is a tetramer. Asymmetric unit contains one tetramer and a dimer.

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要素

#1: タンパク質
PA4872 oxaloacetate decarboxylase


分子量: 31358.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: Dnase1 / プラスミド: pET3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUU1, oxaloacetate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18% PEG 3350, 20% glycerol, 0.1M MES, 10 mg/mL protein in 5mM MgCl2, 5mM oxalate, 10mM Na+Hepes pH 7.0; Crystallization drops contained equal volumes of reservoir solution and protein ...詳細: 18% PEG 3350, 20% glycerol, 0.1M MES, 10 mg/mL protein in 5mM MgCl2, 5mM oxalate, 10mM Na+Hepes pH 7.0; Crystallization drops contained equal volumes of reservoir solution and protein solution, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.6 Å / Num. all: 164404 / Num. obs: 159433 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.13 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化解像度: 1.9→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 15857 9.9 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.19696 143568 96.97 %-
all-164404 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å2-0.65 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12897 0 90 1859 14846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02213251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.96617982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.01951703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01722.727594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.832152136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.30515135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.22104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.26732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.29088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.21480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1420.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9611.58435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.587213458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45534816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8264.54517
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 904 -
Rwork0.3 8168 -
obs--74.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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