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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b88 | ||||||
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タイトル | Complex of T57A Substituted Drosophila LUSH Protein with Ethanol | ||||||
![]() | General odorant-binding protein lush | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding Protein Alcohol Binding Protein / Behavior / Olfaction / Pheromone response / Pheromone-binding / Secreted / Sensory transduction / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() diphenyl phthalate binding / courtship behavior / response to pheromone / dibutyl phthalate binding / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jones, D.N.M. / Thode, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The role of multiple hydrogen-bonding groups in specific alcohol binding sites in proteins: insights from structural studies of LUSH. 著者: Thode, A.B. / Kruse, S.W. / Nix, J.C. / Jones, D.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14185.482 Da / 分子数: 2 / 断片: Chain A / 変異: Threonine to Alanine / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lush, Obp76a, Obp76c / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→36.85 Å / Num. obs: 16772 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 15 / Scaling rejects: 873 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.75 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured all: 11157 / Num. unique all: 1650 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.865 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→36.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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