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万見
- PDB-3b86: Crystal structure of T57S substituted LUSH protein complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b86
タイトルCrystal structure of T57S substituted LUSH protein complexed with ethanol
要素General odorant-binding protein lush
キーワードTRANSPORT PROTEIN / odorant binding protein / alcohol binding protein / Behavior / Olfaction / Pheromone response / Pheromone-binding / Secreted / Sensory transduction / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / response to pheromone / courtship behavior / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ETHANOL / General odorant-binding protein lush
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jones, D.N.M. / Thode, A.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The role of multiple hydrogen-bonding groups in specific alcohol binding sites in proteins: insights from structural studies of LUSH.
著者: Thode, A.B. / Kruse, S.W. / Nix, J.C. / Jones, D.N.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General odorant-binding protein lush
B: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,12010
ポリマ－28,4032
非ポリマー7178
水1,62190
1
A: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5605
ポリマ－14,2011
非ポリマー3584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5605
ポリマ－14,2011
非ポリマー3584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.825, 46.825, 111.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 General odorant-binding protein lush


分子量: 14201.482 Da / 分子数: 2 / 断片: chain A / 変異: Threonine 57 to Serine / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: lush, Obp76a, Obp76c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O02372
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 断片: chain B / 変異: Threonine 57 to Serine / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.11 Å / Num. obs: 16219 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 10 / Scaling rejects: 444
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured all: 5014 / Num. unique all: 1617 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.398 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.82
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å46.83 Å
Translation1.9 Å46.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.3Lデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1633 -RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.219 16182 99.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.492 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1962 0 43 90 2095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.9812957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.835276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.35224100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21115415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8391517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2780.21507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0890.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4921405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34932181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3293896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3354776
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 128 -
Rwork0.304 1091 -
all-1219 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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