PDB-3b7a: Complex of S52A Substituted Droposphila LUSH protein with Ethanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b7a

タイトル

Complex of S52A Substituted Droposphila LUSH protein with Ethanol

要素

General odorant-binding protein lush

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding Protein / Alochol Binding Protein / Behavior / Olfaction / Pheromone response / Pheromone-binding / Secreted / Sensory transduction / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / response to pheromone / courtship behavior / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jones, D.N.M. / Thode, A.B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The role of multiple hydrogen-bonding groups in specific alcohol binding sites in proteins: insights from structural studies of LUSH.
著者: Thode, A.B. / Kruse, S.W. / Nix, J.C. / Jones, D.N.

履歴

登録	2007年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b7a.cif.gz	66 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b7a.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b7a_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b7a_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	3b7a_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	3b7a_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/3b7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/3b7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t14C 3b6xC 3b86C 3b87C 3b88C 1oohS 1oof 1oog 1ooi S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oog-2 1oog-1 3b88-1 3b6x-2 5nul-d 3b6x-1 1oof-1 4exz-1 1oof-2 5ol5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: General odorant-binding protein lush

B: General odorant-binding protein lush

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: General odorant-binding protein lush

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: General odorant-binding protein lush

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.873, 46.873, 111.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	General odorant-binding protein lush / lush / Obp76a / Obp76c 分子量: 14199.508 Da / 分子数: 2 / 変異: S52A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: lush, Obp76a, Obp76c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O02372
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 変異: S52A / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 4.6 詳細: 25% PEG 4000, 100mM Sodium Acetate, 3:1 protein/well solution, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.12 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→35.76 Å / Num. obs: 25896 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.35 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.91 % / R_merge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.34 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.705

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	35.84 Å
Translation	3.5 Å	35.84 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2LDz	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OOH

1ooh

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 3.762 / SU ML: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	1891	10.2 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.202	18492	98.5 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2045	0	27	144	2216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.074	1.98	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.709	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.556	24.227	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.991	15	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.574	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.113	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.618	2	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.372	3	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.67	3	854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.791	4	745
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	166	-
R_work	0.231	1228	-
obs	-	-	99.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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