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万見
- PDB-3b6x: Complex of S52A Substituted Drosophila LUSH protein with Butanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6x
タイトルComplex of S52A Substituted Drosophila LUSH protein with Butanol
要素General odorant-binding protein lush
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding / Alcohol Binding / Behavior / Olfaction / Pheromone response / Pheromone-binding / Secreted / Sensory transduction / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / courtship behavior / response to pheromone / olfactory behavior / pheromone binding / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / ACETATE ION / General odorant-binding protein lush
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Thode, A.B. / Jones, D.N.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The role of multiple hydrogen-bonding groups in specific alcohol binding sites in proteins: insights from structural studies of LUSH.
著者: Thode, A.B. / Kruse, S.W. / Nix, J.C. / Jones, D.N.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General odorant-binding protein lush
B: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1199
ポリマ－28,6752
非ポリマー4437
水4,576254
1
A: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4713
ポリマ－14,3381
非ポリマー1332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6486
ポリマ－14,3381
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.872, 46.872, 111.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 General odorant-binding protein lush


分子量: 14337.656 Da / 分子数: 2 / 断片: Chain A / 変異: Serine 52 to Alanine / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: lush, Obp76a, Obp76c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O02372
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 断片: Chain B / 変異: Serine 52 to Alanine / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 400, 100mM Sodium Acetate, 3:1 protein/well ratio, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature Room tempK, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月15日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 15934 / Num. obs: 15795 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.02 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.329 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1088 / Rsym value: 0.214 / Χ2: 1.436 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OOH

1ooh


解像度: 2→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.113 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1592 10.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.187 ---
obs0.169 15795 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.193 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 29 254 2269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.9752895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4515266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40724.28698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68315402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8171514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.21480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.49521384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03432139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6673870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7674756
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 116 -
Rwork0.162 1062 -
all-1178 -
obs--98.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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