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万見
- PDB-3b54: Saccharomyces cerevisiae nucleoside diphosphate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b54
タイトルSaccharomyces cerevisiae nucleoside diphosphate kinase
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA/BETA sandwich / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Mitochondrion / Nucleotide metabolism / Nucleotide-binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / Neutrophil degranulation / mitochondrial intermembrane space ...: / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / Neutrophil degranulation / mitochondrial intermembrane space / DNA repair / DNA damage response / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, H.B. / Bao, R. / Cheng, Y.X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of Ynk1 from the yeast Saccharomyces cerevisiae
著者: Wang, H. / Bao, R. / Jiang, C. / Yang, Z. / Zhou, C.-Z. / Chen, Y.
履歴
登録2007年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6084
ポリマ－36,4182
非ポリマー1902
水1267
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,82312
ポリマ－109,2536
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area18130 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area34210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.920, 185.920, 185.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 10 - 161

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDK / NDP kinase


分子量: 18208.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NDK1, YNK, YNK1 / プラスミド: pET28a-derived expression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36010, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 13% isopropanol, 19% TBA(tert-butyl alcohol), 0.1M Na Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.4 Å / Num. all: 10547 / Num. obs: 10547 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.41 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 5.6122
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.89 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 93.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1nue

1nue


解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26081 431 4.6 %RANDOM
Rwork0.23081 ---
obs0.23221 8869 95.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 10 7 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.9583154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4225286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.51624.038104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.91615428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5291516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.21091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3150.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4381.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80222296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2923912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1224.5858
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1145 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.040.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.177 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 37 -
Rwork0.279 597 -
obs--93.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6768-0.98-1.90892.9465-0.26065.1058-0.3028-0.3463-1.57-0.04260.24010.37261.0141-0.45960.0627-0.1625-0.2353-0.044-0.28580.00450.137317.52792.822329.8158
27.322-2.1411-1.30765.4123-0.27293.2058-0.2656-1.5432-0.351.08390.0678-0.4343-0.04380.36190.1978-0.1752-0.0434-0.24140.12930.0066-0.286328.958716.667543.6547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 15310 - 161
2X-RAY DIFFRACTION1AC1541
3X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 15310 - 161
4X-RAY DIFFRACTION2BD1541

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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