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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b4t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis RNase PH, the Mycobacterium tuberculosis Structural Genomics Consortium target Rv1340 | ||||||
要素 | Ribonuclease PH | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / RNase / tRNA nucleotidyltransferase / ribonuclease / RPHA / Structural Genomics / TBSGC / Mycobacterium tuberculosis Structural Genomics Consortium / tRNA processing / TB Structural Genomics Consortium / PSI / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA nucleotidyltransferase / tRNA nucleotidyltransferase activity / rRNA catabolic process / tRNA processing / rRNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / tRNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Antczak, A.J. / Berger, J.M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 2.1 A Crystal structure of RNase PH from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Antczak, A.J. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Berger, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3b4t.cif.gz | 295.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3b4t.ent.gz | 240.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3b4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3b4t_validation.pdf.gz | 489.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3b4t_full_validation.pdf.gz | 511.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3b4t_validation.xml.gz | 64.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3b4t_validation.cif.gz | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/3b4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/3b4t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1r6mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27631.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv 遺伝子: rph, rphA, Rv1340, MT1381, MTCY130.25, MTCY02B10.04 プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold 参照: UniProt: Q10628, UniProt: P9WGZ7*PLUS, tRNA nucleotidyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 22.5% PEG 2000, 0.1M MOPS pH 7.5, 0.085M NaH2PO4, 0.085M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月2日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→78.811 Å / Num. obs: 399198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1R6M 解像度: 2.1→39.69 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN PHASING
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.69 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.12 Å
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