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万見
- PDB-3b43: I-band fragment I65-I70 from titin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b43
タイトルI-band fragment I65-I70 from titin
要素Titin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / I-set Ig fold / extended poly-Ig filament / titin / elastic filament
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity ...eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者von Castelmur, E. / Marino, M. / Labeit, D. / Labeit, S. / Mayans, O.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: A regular pattern of Ig super-motifs defines segmental flexibility as the elastic mechanism of the titin chain
著者: von Castelmur, E. / Marino, M. / Svergun, D.I. / Kreplak, L. / Ucurum-Fotiadis, Z. / Konarev, P.V. / Urzhumtsev, A. / Labeit, D. / Labeit, S. / Mayans, O.
#1: ジャーナル: J.Muscle Res.Cell.Motil. / 年: 2005
タイトル: Poly-Ig tandems from I-band titin share extended domain arrangements irrespective of the distinct features of their modular constituents
著者: Marino, M. / Svergun, D.I. / Kreplak, L. / Konarev, P.V. / Maco, B. / Labeit, D. / Mayans, O.
履歴
登録2007年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8891
ポリマ－62,8891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.430, 141.430, 166.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Titin


分子量: 62888.961 Da / 分子数: 1 / 断片: I65-I70 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta
参照: UniProt: D0VWS0*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
Has protein modificationY
配列の詳細THE DATABASE SEQUENCE ENTRY COVERING THIS CONSTRUCT IS EMBL Y14852, RABBIT SOLEUS TITIN MRNA, BASES ...THE DATABASE SEQUENCE ENTRY COVERING THIS CONSTRUCT IS EMBL Y14852, RABBIT SOLEUS TITIN MRNA, BASES 11881-13578. THE CLOSEST HOMOLOG IS HUMAN TITIN SWISSPROT ENTRY Q8WZ42, RESIDUES 7946-8511.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→17 Å / Num. obs: 14953 / % possible obs: 98.57 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 82.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.3-3.350.4784.3436763997.3
3.35-3.40.4115434162098.9
3.4-3.50.3535.67888112899.2
3.5-3.750.2627.616213232099.2
3.75-40.14712.612465178799.1
4-60.06624.140989595098.7
6-80.04432.59977149597.8
8-100.0339.9327554296.6
10-120.02159155424695.7
12-140.02356.577513095.6
14-160.02156.94027195.9
160.019541402513.8

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
SHARP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3→16.985 Å / FOM work R set: 0.794 / SU ML: 0.46 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: This structure was refined using TLS in PHENIX.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 757 5.06 %
Rwork0.22 --
obs0.222 14953 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.059 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 219.59 Å2 / Biso min: 46.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.466 Å2-0 Å20 Å2
2---9.466 Å2-0 Å2
3---18.932 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→16.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4412 0 0 0 4412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94461081
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00645061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.25416591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047911
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.131
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree: 0.307 / Rfactor Rwork: 0.273 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Num. reflection RfreeNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3002-3.5529150277498.78
3.5529-3.9065155279599.23
3.9065-4.4628131284899.17
4.4628-5.5892159283898.49
5.589-16.9854162294197.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.37880.9633-2.14583.08310.63452.9430.07440.1555-1.19650.1582-0.3137-0.2880.48840.41110.00070.74340.09460.07050.8763-0.03850.533827.67591.879616.0823
23.64312.7595-2.77084.6185-1.53443.57060.07170.0239-0.0409-0.21330.12670.32420.3329-0.192-0.00030.5939-0.0064-0.02180.51740.12710.3289-18.81680.263325.3669
32.74281.67150.10830.63990.76090.9449-0.04750.4341-1.0795-0.2243-0.16960.0810.5788-0.00850.00011.3658-0.15580.03780.5616-0.17371.3647-35.9529-44.468536.5522
40.38440.21660.9705-0.50761.48151.0145-0.0896-0.16340.909-0.25480.0277-0.7657-0.31181.1110.00012.0353-0.0433-0.16730.99950.06932.3785-23.6753-87.034842.4776
51.9385-0.1681-1.33672.7677-2.39891.301-0.36570.00450.1103-0.21360.0281-1.4982-0.80870.135501.65140.25460.02820.78780.05281.2399-28.4356-129.128340.129
62.71680.4182-0.67780.77470.5580.1827-0.163-0.5454-0.86310.5221-0.0545-0.55340.01990.6583-0.00011.63780.44270.08781.09070.35611.7929-10.691-168.696947.0476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid -2:94A-2 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 95:190A95 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 191:284A191 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 285:378A285 - 378
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 379:471A379 - 471
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 472:566A472 - 566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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