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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b3g | ||||||
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タイトル | The 2.4 A crystal structure of the apo catalytic domain of coactivator-associated arginine methyl transferase I(CARM1,140-480). | ||||||
![]() | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / Chromatin regulator / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / S-adenosyl-L-methionine / Transcription / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() RMTs methylate histone arginines / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / histone H3R26 methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase ...RMTs methylate histone arginines / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / histone H3R26 methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / estrogen receptor signaling pathway / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / protein localization to chromatin / response to cAMP / RNA splicing / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / RNA polymerase II transcription regulator complex / methylation / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Hassenboehler, P. / Moras, D. / Cavarelli, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional insights from structures of coactivator-associated arginine methyltransferase 1 domains. 著者: Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Hassenboehler, P. / Moras, D. / Cavarelli, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic study of isolated modules of the mouse coactivator-associated arginine methyltransferase 1. 著者: Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Hassenboehler, P. / Moras, D. / Cavarelli, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38774.160 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4AE70, EC: 2.1.1.125, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 19% PEG 3350, 0.15M sodium malate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.49 Å / Num. all: 30000 / Num. obs: 28039 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 49.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 2791 / Rsym value: 0.177 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.711 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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