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- PDB-3b2m: Crystal Structure of the Major Pilin from Streptococcus pyogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b2m
タイトルCrystal Structure of the Major Pilin from Streptococcus pyogenes
要素Putative uncharacterized protein SPy0128
キーワードCELL ADHESION / STRUCTURAL PROTEIN / All-beta / pili / isopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sortase B signal domain, QVPTGV class / Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Immunoglobulin-like ...Sortase B signal domain, QVPTGV class / Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Kang, H.J. / Coulibaly, F. / Proft, T. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Stabilizing isopeptide bonds revealed in gram-positive bacterial pilus structure.
著者: Kang, H.J. / Coulibaly, F. / Clow, F. / Proft, T. / Baker, E.N.
履歴
登録2007年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein SPy0128
B: Putative uncharacterized protein SPy0128
C: Putative uncharacterized protein SPy0128


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4403
ポリマ－97,4403
非ポリマー00
水6,215345
1
A: Putative uncharacterized protein SPy0128


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4801
ポリマ－32,4801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein SPy0128


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4801
ポリマ－32,4801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein SPy0128


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4801
ポリマ－32,4801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.309, 52.308, 128.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein SPy0128 / Major Pilin / Fibronectin-binding protein


分子量: 32480.004 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 18-307 / 変異: D306V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pyogenes / 株: M1, SF370 / 遺伝子: spy0128 / プラスミド: pGEX3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9A1S2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細COVALENT BOND IS FORMED BETWEEN THE LYSINE NZ AND ASPARAGINE CG, AND THE ASPARAGINE NH2 IS LOST AS ...COVALENT BOND IS FORMED BETWEEN THE LYSINE NZ AND ASPARAGINE CG, AND THE ASPARAGINE NH2 IS LOST AS AN AMMONIUM ION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium formate, 20% PEG 3350, 0.2M HEPES-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月28日 / 詳細: Osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.6 % / Av σ(I) over netI: 11.2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.08 / D res high: 2.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 24369 / % possible obs: 97.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.83098.710.0411.119.2
4.615.899.110.0441.159.5
4.034.619910.0511.0259.6
3.664.0398.310.0781.0499.7
3.43.6698.610.1021.0419.7
3.23.498.110.1351.0829.7
3.043.297.910.1981.0969.7
2.913.0497.610.2851.1039.7
2.82.919710.3931.0539.7
2.72.894.110.4981.0648.9
反射解像度: 2.22→66.8 Å / Num. obs: 42842 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.102 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 65.2 / Num. unique all: 4037 / Χ2: 1.055 / % possible all: 92.4

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換
Phasing set
ID
1
2
Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 2.22→40.36 Å

IDDer set-IDPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_1100400242171
ISO_220.7470.79822192687
Phasing MIR der shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Der-IDPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
9.6740.36ISO_100435130
6.949.67ISO_100820126
5.696.94ISO_1001057123
4.945.69ISO_1001270114
4.434.94ISO_1001416109
4.054.43ISO_1001578105
3.754.05ISO_100172590
3.513.75ISO_1001868101
3.313.51ISO_1001987100
3.143.31ISO_1002106105
33.14ISO_1002196106
2.873ISO_1002275108
2.762.87ISO_1002350103
2.662.76ISO_1002482110
2.572.66ISO_1002574108
2.492.57ISO_1002601103
2.412.49ISO_1002753101
2.342.41ISO_1002806115
2.282.34ISO_1002875106
2.222.28ISO_1002850108
9.6740.36ISO_22.0191.37441354
6.949.67ISO_21.7331.48681862
5.696.94ISO_21.4651.042104960
4.945.69ISO_20.9850.864126156
4.434.94ISO_20.6870.576140252
4.054.43ISO_20.6010.527155349
3.754.05ISO_20.5630.51169442
3.513.75ISO_20.5030.531184047
3.313.51ISO_20.4980.535195648
3.143.31ISO_20.4770.618206947
33.14ISO_20.5170.557215850
2.873ISO_20.5290.513223149
2.762.87ISO_20.5390.536228644
2.662.76ISO_20.5160.723146227
2.572.66ISO_20000
2.492.57ISO_20000
2.412.49ISO_20000
2.342.41ISO_20000
2.282.34ISO_20000
2.222.28ISO_20000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.22→66.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 15.051 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2157 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.203 40580 --
obs0.203 42739 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.205 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→66.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6680 0 0 345 7025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9569351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0725882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.17326.877301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.731151236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.81153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24512
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.54421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03827058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61232783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6334.52280
LS精密化 シェル解像度: 2.223→2.281 Å / Rfactor Rfree error: 0.26 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 134 -
Rwork0.267 2754 -
all-2888 -
obs-42739 89.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68030.127-3.08321.534-0.99848.7161-0.15410.1928-0.161-0.2926-0.1996-0.04190.31570.18620.3537-0.2545-0.0193-0.0756-0.131-0.0394-0.295210.63612.44346.035
21.8164-0.4978-2.10831.78921.52697.43530.10260.33160.0843-0.3090.11880.0677-0.4092-0.2033-0.2214-0.2277-0.0603-0.0592-0.18750.0275-0.2156-2.02317.19869.449
31.4443-0.3555-4.18170.08751.029212.1074-0.0116-0.1769-0.00850.1817-0.00640.11210.29370.1640.0179-0.07370.05470.1022-0.10.0168-0.1408-10.55342.989123.145
42.64030.3469-2.32151.8705-0.39324.23270.1245-0.33230.03430.28280.01460.1612-0.14290.2136-0.139-0.22130.0001-0.0402-0.24750.0194-0.25841.55141.38794.19
52.3128-0.5447-3.91581.01481.499910.2317-0.0465-0.0556-0.02350.04130.0143-0.04660.04180.32830.0322-0.2630.0377-0.052-0.24670.023-0.304925.30915.83284.746
62.1380.5813-3.65931.4648-1.445115.5885-0.0249-0.4461-0.13050.2895-0.00330.0607-0.43170.41160.0282-0.00450.07310.0702-0.07170.0213-0.202613.0920.089128.12
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA28 - 17215 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2AA173 - 307160 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3BB28 - 17215 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4BB173 - 307160 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5CC28 - 17215 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6CC173 - 307160 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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