PDB-3b2m: Crystal Structure of the Major Pilin from Streptococcus pyogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b2m

タイトル

Crystal Structure of the Major Pilin from Streptococcus pyogenes

要素

Putative uncharacterized protein SPy0128

キーワード

CELL ADHESION / STRUCTURAL PROTEIN / All-beta / pili / isopeptide

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

単一同系置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Kang, H.J. / Coulibaly, F. / Proft, T. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Stabilizing isopeptide bonds revealed in gram-positive bacterial pilus structure.
著者: Kang, H.J. / Coulibaly, F. / Clow, F. / Proft, T. / Baker, E.N.

履歴

登録	2007年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b2m.cif.gz	178.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b2m.ent.gz	148.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b2m_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b2m_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	3b2m_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	3b2m_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gld-1 3ml6-6 3zrs-d 2wlh-d 4lp8-d 4ot9-d 3mh9-d 6o9u-d 4ts0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein SPy0128

B: Putative uncharacterized protein SPy0128

C: Putative uncharacterized protein SPy0128

97.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein SPy0128

ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative uncharacterized protein SPy0128

ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative uncharacterized protein SPy0128

ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.309, 52.308, 128.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein SPy0128 / Major Pilin / Fibronectin-binding protein 分子量: 32480.004 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 18-307 / 変異: D306V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 生物種: Streptococcus pyogenes / 株: M1, SF370 / 遺伝子: spy0128 / プラスミド: pGEX3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9A1S2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	COVALENT BOND IS FORMED BETWEEN THE LYSINE NZ AND ASPARAGINE CG, AND THE ASPARAGINE NH2 IS LOST AS ...COVALENT BOND IS FORMED BETWEEN THE LYSINE NZ AND ASPARAGINE CG, AND THE ASPARAGINE NH2 IS LOST AS AN AMMONIUM ION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium formate, 20% PEG 3350, 0.2M HEPES-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月28日 / 詳細: Osmic

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.6 % / Av σ(I) over netI: 11.2 / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.08 / D res high: 2.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 24369 / % possible obs: 97.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.8	30	98.7	1	0.041	1.11	9.2
4.61	5.8	99.1	1	0.044	1.15	9.5
4.03	4.61	99	1	0.051	1.025	9.6
3.66	4.03	98.3	1	0.078	1.049	9.7
3.4	3.66	98.6	1	0.102	1.041	9.7
3.2	3.4	98.1	1	0.135	1.082	9.7
3.04	3.2	97.9	1	0.198	1.096	9.7
2.91	3.04	97.6	1	0.285	1.103	9.7
2.8	2.91	97	1	0.393	1.053	9.7
2.7	2.8	94.1	1	0.498	1.064	8.9

反射

解像度: 2.22→66.8 Å / Num. obs: 42842 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 49.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1.102 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 65.2 / Num. unique all: 4037 / Χ²: 1.055 / % possible all: 92.4

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換

Phasing set

ID
1
2

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 2.22→40.36 Å

ID	Der set-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1	0	0	40024	2171
ISO_2	2	0.747	0.798	22192	687

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.67	40.36	ISO_1	0	0	435	130
6.94	9.67	ISO_1	0	0	820	126
5.69	6.94	ISO_1	0	0	1057	123
4.94	5.69	ISO_1	0	0	1270	114
4.43	4.94	ISO_1	0	0	1416	109
4.05	4.43	ISO_1	0	0	1578	105
3.75	4.05	ISO_1	0	0	1725	90
3.51	3.75	ISO_1	0	0	1868	101
3.31	3.51	ISO_1	0	0	1987	100
3.14	3.31	ISO_1	0	0	2106	105
3	3.14	ISO_1	0	0	2196	106
2.87	3	ISO_1	0	0	2275	108
2.76	2.87	ISO_1	0	0	2350	103
2.66	2.76	ISO_1	0	0	2482	110
2.57	2.66	ISO_1	0	0	2574	108
2.49	2.57	ISO_1	0	0	2601	103
2.41	2.49	ISO_1	0	0	2753	101
2.34	2.41	ISO_1	0	0	2806	115
2.28	2.34	ISO_1	0	0	2875	106
2.22	2.28	ISO_1	0	0	2850	108
9.67	40.36	ISO_2	2.019	1.374	413	54
6.94	9.67	ISO_2	1.733	1.486	818	62
5.69	6.94	ISO_2	1.465	1.042	1049	60
4.94	5.69	ISO_2	0.985	0.864	1261	56
4.43	4.94	ISO_2	0.687	0.576	1402	52
4.05	4.43	ISO_2	0.601	0.527	1553	49
3.75	4.05	ISO_2	0.563	0.51	1694	42
3.51	3.75	ISO_2	0.503	0.531	1840	47
3.31	3.51	ISO_2	0.498	0.535	1956	48
3.14	3.31	ISO_2	0.477	0.618	2069	47
3	3.14	ISO_2	0.517	0.557	2158	50
2.87	3	ISO_2	0.529	0.513	2231	49
2.76	2.87	ISO_2	0.539	0.536	2286	44
2.66	2.76	ISO_2	0.516	0.723	1462	27
2.57	2.66	ISO_2	0	0	0	0
2.49	2.57	ISO_2	0	0	0	0
2.41	2.49	ISO_2	0	0	0	0
2.34	2.41	ISO_2	0	0	0	0
2.28	2.34	ISO_2	0	0	0	0
2.22	2.28	ISO_2	0	0	0	0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換 / 解像度: 2.22→66.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 15.051 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	2157	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.203	40580	-	-
obs	0.203	42739	97.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.205 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→66.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6680	0	0	345	7025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.271	1.956	9351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.072	5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.173	26.877	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.731	15	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.81	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5145
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.626	1.5	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.038	2	7058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.612	3	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.633	4.5	2280

LS精密化シェル

解像度: 2.223→2.281 Å / R_factor R_free error: 0.26 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	134	-
R_work	0.267	2754	-
all	-	2888	-
obs	-	42739	89.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6803	0.127	-3.0832	1.534	-0.9984	8.7161	-0.1541	0.1928	-0.161	-0.2926	-0.1996	-0.0419	0.3157	0.1862	0.3537	-0.2545	-0.0193	-0.0756	-0.131	-0.0394	-0.2952	10.636	12.443	46.035
2	1.8164	-0.4978	-2.1083	1.7892	1.5269	7.4353	0.1026	0.3316	0.0843	-0.309	0.1188	0.0677	-0.4092	-0.2033	-0.2214	-0.2277	-0.0603	-0.0592	-0.1875	0.0275	-0.2156	-2.023	17.198	69.449
3	1.4443	-0.3555	-4.1817	0.0875	1.0292	12.1074	-0.0116	-0.1769	-0.0085	0.1817	-0.0064	0.1121	0.2937	0.164	0.0179	-0.0737	0.0547	0.1022	-0.1	0.0168	-0.1408	-10.553	42.989	123.145
4	2.6403	0.3469	-2.3215	1.8705	-0.3932	4.2327	0.1245	-0.3323	0.0343	0.2828	0.0146	0.1612	-0.1429	0.2136	-0.139	-0.2213	0.0001	-0.0402	-0.2475	0.0194	-0.2584	1.551	41.387	94.19
5	2.3128	-0.5447	-3.9158	1.0148	1.4999	10.2317	-0.0465	-0.0556	-0.0235	0.0413	0.0143	-0.0466	0.0418	0.3283	0.0322	-0.263	0.0377	-0.052	-0.2467	0.023	-0.3049	25.309	15.832	84.746
6	2.138	0.5813	-3.6593	1.4648	-1.4451	15.5885	-0.0249	-0.4461	-0.1305	0.2895	-0.0033	0.0607	-0.4317	0.4116	0.0282	-0.0045	0.0731	0.0702	-0.0717	0.0213	-0.2026	13.09	20.089	128.12

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 172	15 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	173 - 307	160 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	28 - 172	15 - 159
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	173 - 307	160 - 294
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	28 - 172	15 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	173 - 307	160 - 294

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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