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万見
- PDB-3b03: Crystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b03
タイトルCrystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with vIPP.
要素Isopentenyl-diphosphate delta-isomeraseIsopentenyl-diphosphate delta isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / TYPE 2 / IDI / FMN / ISOPENTENYL DIPHOSPHATE ISOMERASE / vIPP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, FMN-dependent / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VNR / Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus shibatae (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Unno, H. / Nagai, T. / Hemmi, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
著者: Nagai, T. / Unno, H. / Janczak, M.W. / Yoshimura, T. / Poulter, C.D. / Hemmi, H.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
C: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
D: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,84211
ポリマ－161,9034
非ポリマー2,9397
水9,818545
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area47470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.197, 101.197, 336.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-445-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 10 - 360 / Label seq-ID: 10 - 360

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase / Isopentenyl-diphosphate delta isomerase / IPP isomerase / Isopentenyl pyrophosphate isomerase


分子量: 40475.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: fni, idi / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61615, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-VNR / 1-deoxy-1-[(4aR)-4a-[(2Z)-2-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)but-2-en-1-yl]-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4,4a,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-5-O-phosphono-D-ribitol


分子量: 716.462 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H35N4O16P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 400, 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 86115 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.306 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23053 4303 5 %RANDOM
Rwork0.20116 ---
obs0.20267 81430 95.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.624 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11236 0 187 545 11968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02211616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.9915681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47751451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.37724.397464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.792152134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6011568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.57195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.464211575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39734421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2744.54106
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1404tight positional0.040.05
B1404tight positional0.040.05
C1404tight positional0.040.05
D1404tight positional0.040.05
A1289medium positional0.110.5
B1289medium positional0.10.5
C1289medium positional0.120.5
D1289medium positional0.120.5
A1404tight thermal0.130.5
B1404tight thermal0.120.5
C1404tight thermal0.130.5
D1404tight thermal0.120.5
A1289medium thermal0.132
B1289medium thermal0.132
C1289medium thermal0.132
D1289medium thermal0.142
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 236 -
Rwork0.259 4698 -
obs--76.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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