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- PDB-3azy: Crystal structure of the laminarinase catalytic domain from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3azy
タイトルCrystal structure of the laminarinase catalytic domain from Thermotoga maritima MSB8
要素Laminarinase
キーワードHYDROLASE / beta-jelly roll fold / Glycosyl hydrolase family 16 / Laminarinase / Endo-1 / 3-beta-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...: / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jeng, W.Y. / Wang, N.C. / Wang, A.H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the laminarinase catalytic domain from Thermotoga maritima MSB8 in complex with inhibitors: essential residues for beta-1,3 and beta-1,4 glucan selection.
著者: Jeng, W.Y. / Wang, N.C. / Lin, C.T. / Shyur, L.F. / Wang, A.H.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laminarinase
B: Laminarinase
C: Laminarinase
D: Laminarinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,25920
ポリマ－124,9464
非ポリマー1,31316
水14,574809
1
A: Laminarinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4694
ポリマ－31,2361
非ポリマー2323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Laminarinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5655
ポリマ－31,2361
非ポリマー3284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Laminarinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6616
ポリマ－31,2361
非ポリマー4245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Laminarinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5655
ポリマ－31,2361
非ポリマー3284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.420, 120.420, 107.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Laminarinase


分子量: 31236.436 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 204-466 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8, ATCC43589 / 遺伝子: TM_0024 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9WXN1, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 41-46% (w/v) polypropylenglycol P400, 0.05-0.2M (NH4)2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日
詳細: Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 183497 / Num. obs: 183216 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 18166 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AZX

3azx


解像度: 1.65→24.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.929 / SU ML: 0.046 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19226 9197 5 %RANDOM
Rwork0.16288 ---
obs0.16436 183046 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8132 0 64 809 9005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.93111586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.12151012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43224.889450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.667151274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7471524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2391.54977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04527995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0933521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5454.53588
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.51538498
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.649→1.738 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1338 -
Rwork0.194 25165 -
obs-26503 99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70440.0088-0.09030.5760.01310.88080.1264-0.0904-0.10730.0062-0.05880.01140.05190.0228-0.06760.0296-0.0121-0.02460.01340.00730.0219-8.479936.674899.3787
20.844-0.37290.14181.4742-0.41310.9645-0.0859-0.17620.00880.18280.12340.0403-0.0457-0.0723-0.03750.07150.0392-0.00810.0519-0.01130.0147-29.074475.777188.3356
31.7137-0.25020.35390.653-0.06351.00810.11120.11230.0149-0.1165-0.11050.02690.0213-0.017-0.00070.02360.022-0.00440.03920.010.012915.819329.061770.8719
40.52060.0371-0.08261.47550.14070.79560.00050.03980.0173-0.02550.09970.0955-0.03490.0027-0.10020.0043-0.0006-0.00090.00980.00610.0273-21.94252.420459.6112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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