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万見
- PDB-3az3: Crystal Structure Analysis of Vitamin D receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3az3
タイトルCrystal Structure Analysis of Vitamin D receptor
要素Vitamin D3 receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / Vitamin D receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding ...regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / intracellular calcium ion homeostasis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / calcium ion transport / cell differentiation / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DS6 / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Itoh, S. / Iijima, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Novel nonsecosteroidal vitamin D(3) carboxylic acid analogs for osteoporosis, and SAR analysis.
著者: Kashiwagi, H. / Ono, Y. / Shimizu, K. / Haneishi, T. / Ito, S. / Iijima, S. / Kobayashi, T. / Ichikawa, F. / Harada, S. / Sato, H. / Sekiguchi, N. / Ishigai, M. / Takahashi, T.
履歴
登録2011年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2452
ポリマ－28,7461
非ポリマー4991
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.320, 52.222, 131.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 28746.260 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 120-164, 216-423 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion protein of residues 120-164 and residues 216-423
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I1, VDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-DS6 / (4S)-4-hydroxy-5-[4-(3-{4-[(3S)-3-hydroxy-4,4-dimethylpentyl]-3-methylphenyl}pentan-3-yl)-2-methylphenoxy]pentanoic acid


分子量: 498.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FUSION PROTEIN OF RESIDUES 120-164 AND RESIDUES 216-423

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 % / Mosaicity: 0.3 °
結晶化手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月1日
放射モノクロメーター: Silicone / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→26.11 Å / Num. obs: 39684 / % possible obs: 59.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.36-1.441.50.514539971.1390.610.7
1.44-1.521.80.7440724550.9020.827.7
1.52-1.632.11.1782037940.6011.345.5
1.63-1.762.51.81324452780.3952.367.1
1.76-1.932.82.81599656980.2494.177.6
1.93-2.152.74.81453054420.1367.981.8
2.15-2.492.66.41347152530.09212.288.7
2.49-3.052.67.21271648310.07516.596.1
3.05-4.312.99.21143239180.05521.298.8
4.31-26.1112.810.8567820180.04720.789.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA2.7.5データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.9.3精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.36→26.082 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9283 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 2022 5.11 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.2259 39601 59.36 %-
原子変位パラメータBiso max: 80.3 Å2 / Biso mean: 25.9974 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7442 Å20 Å20 Å2
2---1.5615 Å20 Å2
3----0.1827 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.213 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→26.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 36 148 2177
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d729SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes288HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2068HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion269SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2613SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2068HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2800HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.48
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 18 7.09 %
Rwork0.3162 236 -
all0.3151 254 -
obs--59.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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