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万見
- PDB-3ayh: Crystal structure of the C17/25 subcomplex from S. pombe RNA Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ayh
タイトルCrystal structure of the C17/25 subcomplex from S. pombe RNA Polymerase III
要素
  • DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc8
  • DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc9
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III complex / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Growth Hormone; Chain: A; / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily ...RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Growth Hormone; Chain: A; / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc9
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.193 Å
データ登録者Ehara, H. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the C17/25 subcomplex from Schizosaccharomyces pombe RNA polymerase III
著者: Ehara, H. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2011年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc9
B: DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9854
ポリマ－38,7932
非ポリマー1922
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.400, 85.400, 93.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc9 / RNA polymerase III subunit C9 / RNA polymerase III subunit C17


分子量: 15524.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: rpc17, SPAPB1E7.10 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9C0Z9
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc8 / RNA polymerase III subunit C8 / RNA polymerase III subunit C25


分子量: 23268.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: rpc25, SPBC2G5.07c / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: O94285
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.3M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→34.38 Å / Num. all: 20649 / Num. obs: 20649 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 6.837
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1524 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CKZ

2ckz


解像度: 2.193→34.376 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8599 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1042 5.23 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1927 19924 96.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.241 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.72 Å2 / Biso mean: 36.3408 Å2 / Biso min: 12.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8736 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.8736 Å2-0 Å2
3----1.7472 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.193→34.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2572 0 10 161 2743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0023555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.912981
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1926-2.30820.27641590.20462543270292
2.3082-2.45280.24751510.20352571272295
2.4528-2.64210.27961480.20512636278495
2.6421-2.90790.26021430.1982676281996
2.9079-3.32840.22591480.18362728287698
3.3284-4.19220.21241470.17142797294499
4.1922-34.38020.22491460.195629313077100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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