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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3awu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Streptomyces tyrosinase in a complex with caddie soaked in a Cu(II)-containing solution for 40 h | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/METAL TRANSPORT / TYROSINASE / BINARY COMPLEX / TYPE-3 COPPER / COPPER TRANSFER / OXIDOREDUCTASE-METAL TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / pigmentation / copper ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matoba, Y. / Sugiyama, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A molecular mechanism for copper transportation to tyrosinase that is assisted by a metallochaperone, caddie protein 著者: Matoba, Y. / Bando, N. / Oda, K. / Noda, M. / Higashikawa, F. / Kumagai, T. / Sugiyama, M. #1: ![]() タイトル: Crystallographic evidence that the dinuclear copper center of tyrosinase is flexible during catalysis 著者: Matoba, Y. / Kumagai, T. / Yamamoto, A. / Yoshitsu, H. / Sugiyama, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32089.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HUT 6202 / 遺伝子: TYRC / プラスミド: PET-MEL2 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14089.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HUT 6202 / 遺伝子: ORF378 / プラスミド: PET-MEL2 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 化合物 | ChemComp-NO3 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FOR ENTITY 1, THERE IS DIFFERENCE BETWEEN THE SEQRES AND THE SEQUENCE DATABASE. THE DEPOSITOR ...FOR ENTITY 1, THERE IS DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, SODIUM NITRATE, HEPES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.16→100 Å / Num. all: 121708 / Num. obs: 121708 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 40.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.16→1.2 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 12003 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1WX2 解像度: 1.16→30 Å / Num. parameters: 30053 / Num. restraintsaints: 37332 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 22 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3266.35 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.16→30 Å
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拘束条件 |
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