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万見
- PDB-3aud: Simplified BPTI variant with poly Asn amino acid tag (C5N) at the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aud
タイトルSimplified BPTI variant with poly Asn amino acid tag (C5N) at the C-terminus
要素Bovine pancreatic trypsin inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Serine protease inhibitor / Inhibits serine protease / Trypsin
機能・相同性Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Few Secondary Structures / Irregular
機能・相同性情報
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.943 Å
データ登録者Islam, M.M. / Kato, A. / Khan, M.M.A. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Kidokoro, S.I. / Kuroda, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Effect of amino acid mutations on protein's solubility, function and structure characterized using short poly amino acid peptide tags
著者: Islam, M.M. / Kato, A. / Khan, M.M.A. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Kidokoro, S.I. / Kuroda, Y.
履歴
登録2011年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bovine pancreatic trypsin inhibitor
B: Bovine pancreatic trypsin inhibitor
C: Bovine pancreatic trypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1043
ポリマ－20,1043
非ポリマー00
水3,207178
1
A: Bovine pancreatic trypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7011
ポリマ－6,7011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bovine pancreatic trypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7011
ポリマ－6,7011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bovine pancreatic trypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7011
ポリマ－6,7011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Bovine pancreatic trypsin inhibitor
B: Bovine pancreatic trypsin inhibitor
C: Bovine pancreatic trypsin inhibitor

A: Bovine pancreatic trypsin inhibitor
B: Bovine pancreatic trypsin inhibitor
C: Bovine pancreatic trypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2096
ポリマ－40,2096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area7210 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.485, 61.485, 171.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-177-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bovine pancreatic trypsin inhibitor / BPTI


分子量: 6701.467 Da / 分子数: 3 / 変異: A1014G, A1038V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): JM109(DE3)PLYSS / 細胞内の位置 (発現宿主): Inclusion body / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS SEQUENCE IS A SIMPLIFIED BPTI VARIANT WITH 21 ALANINES, AND IT HAS BEEN STABILIZED WITH THE ...THIS SEQUENCE IS A SIMPLIFIED BPTI VARIANT WITH 21 ALANINES, AND IT HAS BEEN STABILIZED WITH THE A14G AND A38V MUTATIONS. FIVE ASN RESIDUE TAG AT THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.0M Sodium Formate, 15mM TrisHCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月19日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.943→45.268 Å / Num. all: 14990 / Num. obs: 14990 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.368
反射 シェル解像度: 1.943→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PTI

4pti


解像度: 1.943→45.268 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.737 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19381 757 5.1 %RANDOM
Rwork0.15586 ---
obs0.15773 14213 99.87 %-
all-14990 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.943→45.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1246 0 0 178 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9391775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4575172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg1720.16959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54615165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2321517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2899
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4630.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4960.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1281.5861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7621319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2173506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6344.5453
LS精密化 シェル解像度: 1.943→2.02 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 53 -
Rwork0.152 1000 -
obs--98.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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