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- PDB-3atg: endo-1,3-beta-glucanase from Cellulosimicrobium cellulans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3atg
タイトルendo-1,3-beta-glucanase from Cellulosimicrobium cellulans
要素GLUCANASE
キーワードHYDROLASE / Beta-sandwich fold / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Jelly Rolls - #200 ...: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulosimicrobium cellulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Tanabe, Y. / Pang, Z. / Oda, M. / Mikami, B.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of endo-1,3-beta-glucanase: Insights into the substrate recognition mechanism.
著者: Oda, M. / Inaba, S. / Kamiya, N. / Bekker, G.J. / Mikami, B.
履歴
登録2011年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,49810
ポリマ－27,7071
非ポリマー7919
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.309, 71.309, 60.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 GLUCANASE / endo-1 / 3-beta-glucanase


分子量: 27707.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cellulosimicrobium cellulans (バクテリア)
株: DK-1
参照: UniProt: G1ED17*PLUS, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO DDBJ WITH ACCESSION NUMBER EU589324.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.0M monoammonium dihydrogen phosphate, 0.1M trisodium citrate dehydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 35478 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 13.23 / Num. unique all: 3469 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.66→35.654 Å / FOM work R set: 0.9192 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 14.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1664 1777 5.01 %RANDOM
Rwork0.1455 ---
obs0.1466 35455 99.41 %-
all-35665 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.698 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.1909 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5846 Å20 Å20 Å2
2--0.5846 Å2-0 Å2
3----1.1693 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.129 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→35.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 0 44 325 2245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3072877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.466732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.70490.18481400.15482546X-RAY DIFFRACTION98
1.7049-1.7550.14161140.13312581X-RAY DIFFRACTION100
1.755-1.81170.18661440.13192581X-RAY DIFFRACTION100
1.8117-1.87640.17031310.13182613X-RAY DIFFRACTION100
1.8764-1.95160.18581330.13322576X-RAY DIFFRACTION100
1.9516-2.04040.171520.13552587X-RAY DIFFRACTION100
2.0404-2.14790.14191360.13712615X-RAY DIFFRACTION100
2.1479-2.28250.17091230.14172597X-RAY DIFFRACTION100
2.2825-2.45870.18341390.15012636X-RAY DIFFRACTION100
2.4587-2.7060.17761390.15342578X-RAY DIFFRACTION100
2.706-3.09740.16421500.14652617X-RAY DIFFRACTION100
3.0974-3.90160.13231410.13542614X-RAY DIFFRACTION100
3.9016-35.66270.1891350.1712537X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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